Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005421`

染色体: Chr01 坐标: 71403627-71407525 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005421`
名称	SmilChr01G005421
描述	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 9
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71403627 - 71407525 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005749`
GeneID	`131005749`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005749`
原始查询	`SmilChr01G005421`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 9
产物	OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 9
Arabidopsis	`AT5G04250` (AT5G04250) Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830304] identity=53.3; qcov=1.11; evalue=2.18e-116; confidence=high
Rice	`Os03g0859800` - identity=50.6; qcov=1.04; evalue=5.65e-105; confidence=high
GO	GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG	-
Pfam	PF02338 (OTU)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005749

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057788789.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057788790.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057788790.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788789.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788789.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71405104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,B96,C7
`Chr1:71406494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788789.1

346 aa

173

346

OTU

PF02338 OTU 212-318 aa

XP_057788790.1

345 aa

172

345

OTU

PF02338 OTU 211-317 aa

XP_057788791.1

311 aa

156

311

OTU

PF02338 OTU 177-283 aa

XP_057788792.1

311 aa

156

311

OTU

PF02338 OTU 177-283 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788789.1`	Pfam	`PF02338`	OTU	Domain	212	318	1.8e-11	45.4	OTU-like cysteine protease
`XP_057788790.1`	Pfam	`PF02338`	OTU	Domain	211	317	1.8e-11	45.4	OTU-like cysteine protease
`XP_057788791.1`	Pfam	`PF02338`	OTU	Domain	177	283	1.5e-11	45.6	OTU-like cysteine protease
`XP_057788792.1`	Pfam	`PF02338`	OTU	Domain	177	283	1.5e-11	45.6	OTU-like cysteine protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932808.1
TCTTTTAACGTTTCCGTTTCCCACTTTGATAACGATAAAACGGCGGCGTTTCGGCGTTGTTGGAAAACAGTTATAGAACTTCATATCTTATATTCTATCTAATTCTAATTTACCGCTGGGAATCTGATTGCTTCGCTTCGAATTCAAAGCAAAAAGGCCAGGCTTAACTAACTCATCGATCTACACAAGATACTCTTTTCGGGAAACATCTTGTCAAACTTCAGCAAAACCCTCTAGAAATTTTATGAGAATTATGTATG...

XM_057932809.1
ACATCGATTTTAAACGTCAAAAAGGCCAGGCTTAACTAACTCATCGATCTACACAAGATACTCTTTTCGGGAAACATCTTGTCAAACTTCAGCAAAACCCTCTAGAAATTTTATGAGAATTATGTATGATCTAGATCCCGATGTTGTACGATGGGGTCTTCACCTCATAGATGTTTGCTCATTAGGAAACAATGGCTCTCCACCAGCTGTGACATGTTATGTGGAGGACAAATCGACGACTGATACATTGAAGGTGGGCT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131005749
ATGTTGGCAAAAAGGCCAGGCTTAACTAACTCATCGATCTACACAAGATACTCTTTTCGGGAAACATCTTGTCAAACTTCAGCAAAACCCTCTAGAAATTTTATGAGAATTATGTATGATCTAGATCCCGATGTTGTACGATGGGGTCTTCACCTCATAGATGTTTGCTCATTAGGAAACAATGGCTCTCCACCAGCTGTGACATGTTATGTGGAGGACAAATCGACGACTGATACATTGAAGGTGGGCTTTTGTACTAC...

LOC131005749
ATGATATCAGCAAAAAGGCCAGGCTTAACTAACTCATCGATCTACACAAGATACTCTTTTCGGGAAACATCTTGTCAAACTTCAGCAAAACCCTCTAGAAATTTTATGAGAATTATGTATGATCTAGATCCCGATGTTGTACGATGGGGTCTTCACCTCATAGATGTTTGCTCATTAGGAAACAATGGCTCTCCACCAGCTGTGACATGTTATGTGGAGGACAAATCGACGACTGATACATTGAAGGTGGGCTTTTGTAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057788789.1
MISAKRPGLTNSSIYTRYSFRETSCQTSAKPSRNFMRIMYDLDPDVVRWGLHLIDVCSLGNNGSPPAVTCYVEDKSTTDTLKVGFCTTVESVVENDKAIAQALQEELSRLDAAPGGSVSSGEQHQKESILAQNWLGPSGRHFSSEWQDTLPEIENDSVIDGELGKRLNQLVPIPHVPKINGEIPSVDEATSDHQRLLDRLQLYELVELKISGDGNCQFRSLSDQIYRTSECHKFVREQVVNQLKLRPDLYENYVPMAYGD...

XP_057788790.1
MLAKRPGLTNSSIYTRYSFRETSCQTSAKPSRNFMRIMYDLDPDVVRWGLHLIDVCSLGNNGSPPAVTCYVEDKSTTDTLKVGFCTTVESVVENDKAIAQALQEELSRLDAAPGGSVSSGEQHQKESILAQNWLGPSGRHFSSEWQDTLPEIENDSVIDGELGKRLNQLVPIPHVPKINGEIPSVDEATSDHQRLLDRLQLYELVELKISGDGNCQFRSLSDQIYRTSECHKFVREQVVNQLKLRPDLYENYVPMAYGDY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器