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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005428`

染色体: Chr01 坐标: 71451828-71456927 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005428`
名称	SmilChr01G005428
描述	15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71451828 - 71456927 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005756`
GeneID	`131005756`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005756`
原始查询	`SmilChr01G005428`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic
产物	15-cis-phytoene desaturase%2C chloroplastic/chromoplastic
Arabidopsis	`AT4G14210` (PDS3) phytoene desaturase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827061] identity=79.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0184000` (PDS1) - identity=85.6; qcov=0.883; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009534 (chloroplast thylakoid); GO:0016117 (carotenoid biosynthetic process); GO:0016166 (phytoene dehydrogenase activity)
KEGG	smil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01593 (Amino_oxidase); PF13450 (NAD_binding_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788801.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.80000	`XP_057788801.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.60000	`XP_057788801.1`
4	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057788801.1`
5	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057788801.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71453017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:71453096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:71454250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B137,C10,C7
`Chr1:71454278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B51,B87,C61
`Chr1:71454432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:71454477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B4,C15,C74
`Chr1:71454755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78
`Chr1:71454772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr1:71456279`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B112,B59,C40,C5,C50
`Chr1:71456283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B4,C15,C74
`Chr1:71456379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B130,C10,C7
`Chr1:71456503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788801.1

574 aa

287

574

NAD_binding_8

Amino_oxidase

PF13450 NAD_binding_8 107-173 aa PF01593 Amino_oxidase 112-553 aa

XP_057788802.1

574 aa

287

574

NAD_binding_8

Amino_oxidase

PF13450 NAD_binding_8 107-173 aa PF01593 Amino_oxidase 112-553 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788801.1`	Pfam	`PF13450`	NAD_binding_8	Domain	107	173	4.7e-14	53.1	NAD(P)-binding Rossmann-like domain
`XP_057788801.1`	Pfam	`PF01593`	Amino_oxidase	Domain	112	553	2.6e-96	324.3	Flavin containing amine oxidoreductase
`XP_057788802.1`	Pfam	`PF13450`	NAD_binding_8	Domain	107	173	4.7e-14	53.1	NAD(P)-binding Rossmann-like domain
`XP_057788802.1`	Pfam	`PF01593`	Amino_oxidase	Domain	112	553	2.6e-96	324.3	Flavin containing amine oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932818.1
GCATATTCGTAGCCATAACAAACAATGTCCAAACGCAAAAGAAGCCAAAAACCGAACCATTTTTTGCAACTGCCTAACATATGCACAGTCACCTCCATTAATTTTATTTAATTTTCACATTCAATTGGTGCCCAAAATCCTACTCATCTTGGCTCCAAAGATGCCACATCTCAGCATGGTCAAACTGTGCTGCTCTGGAATTTGTAGTTAGCTCTGTTTCTTGATATAAACCCCTTTTCTCCCATTTTCAAAGAGAAAGG...

XM_057932819.1
TAACAAACAATGTCCAAACGCAAAAGAAGCCAAAAACCGAACCATTTTTTGCAACTGCCTAACATATGCACAGTCACCTCCATTAATTTTATTTAATTTTCACATTCAATTGGTGCCCAAAATCCTACTCATCTTGGCTCCAAAGATGCCACATCTCAGCATGGTCAAACTGTGCTGCTCTGGAATTTGTAGTTAGCTCTGTTTCTTGATATAAACCCCTTTTCTCCCATTTTCAAAGAGAAAGGTCACTGTTGAATCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005756
ATGTCTCAATTCGGACATGTTTCTGCGGTCAACTTAAGCAGGCAGTGTAACATAACCACTGTCTTGAGCCCGCAGCACGGCTGCTCCGTTGCCAATGGCCTATCCTTTGCAGTTAGTGATGCCATGGGCCAAAAGCTGAGGATACCGACAGCACATGCGTTTGCAGCGAGATCCAACAGGAACGCGCTTCCTTTGAAAGTTGTTTGCATTGATTATCCGAGACCTGAGCTCGACAATACAGTTAACTATTTGGAAGCTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788801.1
MSQFGHVSAVNLSRQCNITTVLSPQHGCSVANGLSFAVSDAMGQKLRIPTAHAFAARSNRNALPLKVVCIDYPRPELDNTVNYLEAALLSSTFRNSPRPSKPLEVVIAGSGLAGLSTAKYLADAGHKPILLEARDVLGGKVAAWKDEDGDWYETGLHIFFGAYPNIQNLFGELGINDRLQWKEHSMIFAMPNKPGEFSRFDFPEILPAPFNGILAILKNNEMLTWPEKVKFAIGLLPAIVGGQSYVEAQDGITVKDWMKK...

XP_057788802.1
MSQFGHVSAVNLSRQCNITTVLSPQHGCSVANGLSFAVSDAMGQKLRIPTAHAFAARSNRNALPLKVVCIDYPRPELDNTVNYLEAALLSSTFRNSPRPSKPLEVVIAGSGLAGLSTAKYLADAGHKPILLEARDVLGGKVAAWKDEDGDWYETGLHIFFGAYPNIQNLFGELGINDRLQWKEHSMIFAMPNKPGEFSRFDFPEILPAPFNGILAILKNNEMLTWPEKVKFAIGLLPAIVGGQSYVEAQDGITVKDWMKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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