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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005431`

染色体: Chr01 坐标: 71469959-71473519 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005431`
名称	SmilChr01G005431
描述	U-box domain-containing protein 14
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71469959 - 71473519 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005759`
GeneID	`131005759`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005759`
原始查询	`SmilChr01G005431`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U-box domain-containing protein 14
产物	U-box domain-containing protein 14
Arabidopsis	`AT3G54850` (PUB14) plant U-box 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824650] identity=66.1; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0102700` (OsPUB12) - identity=59.9; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG	smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00514 (Arm); PF04564 (U-box); PF25368 (PUB10_N); PF25598 (ARM_PUB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005759

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057788805.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057788805.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057788805.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788805.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788805.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71470378`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:71470494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:71471767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C5
`Chr1:71471836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B46,B77,C49,C82,D4
`Chr1:71471837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B109,B75,C71,D9
`Chr1:71471882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr1:71472015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr1:71472085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C8
`Chr1:71472115`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,C71,D9
`Chr1:71472142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,C17
`Chr1:71472148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr1:71472290`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788805.1

634 aa

317

634

PUB10_N

U-box

ARM_PUB

Arm

PF25368 PUB10_N 33-145 aa PF04564 U-box 253-323 aa PF25598 ARM_PUB 351-623 aa PF00514 Arm 380-419 aa PF00514 Arm 421-460 aa PF00514 Arm 463-501 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788805.1`	Pfam	`PF25368`	PUB10_N	Domain	33	145	4.3e-33	115.3	PUB10-like, N-terminal domain
`XP_057788805.1`	Pfam	`PF04564`	U-box	Domain	253	323	3.2e-21	76.0	U-box domain
`XP_057788805.1`	Pfam	`PF25598`	ARM_PUB	Repeat	351	623	5.8e-24	85.8	Plant U-box protein ARM repeat region
`XP_057788805.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	380	419	3e-36	123.0	Armadillo/beta-catenin-like repeat
`XP_057788805.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	421	460	3e-36	123.0	Armadillo/beta-catenin-like repeat
`XP_057788805.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	463	501	3e-36	123.0	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932822.1
TTCATAATCATCTTGATTAAAATGATCGCCTTAATTAGAAATTTAGAATCACAAAAATCATTACAGATTCCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAACTGGAGCTCTTGTGCAGACTTGACCTCTTCCAAAAATTTCAGAGATAAAACGACGACTGCAACCTTCCATTATTACATTCCTTCCTCACATTATTCAATTCTCTTCTCTCTATTATCTCGTCGTTTTCCCTCAAAAACCCTCAAATTCGGCCGTTTTCTGCTCAGCAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005759
ATGATGGCGGAAAATCCCGAGTTGGAAGGGTTGCTGAGTCAACTCAGTGAATCGGCCAAGGCTGTCTGCGCGTTGCCCGAGTGCAGAACGGTTGCGAAGAGGATGTACGGCAATCTGGTGAGGAGGGTGAAGCTCATGAGCCCTCTGTTTGAAGAGCTGCAGGACGCTGCGGGCGGGGGTGAGCTCGGAAACGACATCGTTAAGGGGATTGACTCGCTCAGAATCGCTCTTGACTCGGCTCTTGAGCTGCTGAGATCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788805.1
MMAENPELEGLLSQLSESAKAVCALPECRTVAKRMYGNLVRRVKLMSPLFEELQDAAGGGELGNDIVKGIDSLRIALDSALELLRSVHEGSKIFQALQIDKIAGKFEDVTKQIEAALSQVPYNELDISEEVREQIELLHAQFKRAIGRMESPDLQLVKDLAAAQMEDDPDPAVFKRLSEKLHLRTTADLKRELLAIHEMVISCGGVPEGVSEEYIETMSFLLKKIKECISTDNPDLDAADIDKSSMKHRSPIIPDDFRCP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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