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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005436

染色体: Chr01 坐标: 71499182-71500235 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005436
名称SmilChr01G005436
描述protein LURP-one-related 8
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71499182 - 71500235 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005765
GeneID131005765
locus_tag-
NCBI NameLOC131005765
原始查询SmilChr01G005436

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LURP-one-related 8
产物protein LURP-one-related 8
ArabidopsisAT2G38640 (AT2G38640)
LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818446]
identity=52.7; qcov=0.995; evalue=2.77e-66; confidence=high
RiceOs05g0311500
-
identity=43.4; qcov=1.11; evalue=1.08e-52; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04525 (LOR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005765

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057788815.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057788815.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057788815.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057788815.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788815.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71499527 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:71499714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:71499738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:71499903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:71499963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,C1,C3,C82
Chr1:71499980 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:71500015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788815.1
206 aa
N
1
103
206
LOR
C
PF04525 LOR 32-197 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788815.1 Pfam PF04525 LOR Domain 32 197 4.9e-38 131.9 LURP-one-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932832.1
GGGGTGGGCCCCGCTCCCTTCATGGACTATATATACAACACGCCCCAATTCAACCGATCCATCTCCAAATTTCACCTTTGTTGATTCAATTGAGATCACAACGCAGAGAGAAATGACGAAGATATATCCAAACGCCGCCTCCTCCTCCTCCTCGCCGTCTCCGCTGTCGAGCTCCGACGACTGCAAAATCGGCGGCGACGATCCGGTGGTGCTCACCGTGTGGAAGAAATCTCTCCTCCTCAACTGCGAGGGTTTCACGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005765
ATGACGAAGATATATCCAAACGCCGCCTCCTCCTCCTCCTCGCCGTCTCCGCTGTCGAGCTCCGACGACTGCAAAATCGGCGGCGACGATCCGGTGGTGCTCACCGTGTGGAAGAAATCTCTCCTCCTCAACTGCGAGGGTTTCACGGTGTTCGACCCCCGCGGCAACCTCGTCTACCGCGTCGACAATTACATGGCCGCCGCCAAGGGCCACATCTTCCTCATGGACGCCTCCGGCGCTACTCTCCTCACCATCCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788815.1
MTKIYPNAASSSSSPSPLSSSDDCKIGGDDPVVLTVWKKSLLLNCEGFTVFDPRGNLVYRVDNYMAAAKGHIFLMDASGATLLTIRRKKLSLGDTWLIFDGETAENPRYTVRKNVSLLNSRCLAHVFQKKSVPIYLIEGSYARRCCSVYDEKRRRVAEIKQKEASVTGVAFGKDVFRLEVQPGFDAAVAMGMVILLDQMYGSGRFI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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