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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005439

染色体: Chr01 坐标: 71514812-71518585 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005439
名称SmilChr01G005439
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 3, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71514812 - 71518585 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005771
GeneID131005771
locus_tag-
NCBI NameLOC131005771
原始查询SmilChr01G005439

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 3, chloroplastic
产物protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 3%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G65410 (ABCI13)
non-intrinsic ABC protein 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842852]
identity=78.6; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0670100 (OsABCI9)
-
identity=83.5; qcov=0.78; evalue=4.79e-168; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG-
PfamPF00005 (ABC_tran)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057788825.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057788825.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788825.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788825.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788825.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71515853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:71516541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:71516682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:71516685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C27,D7
Chr1:71517097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C20
Chr1:71517474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:71517518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C27,D7
Chr1:71517544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C20
Chr1:71517610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788825.1
350 aa
N
1
175
350
ABC_tran
C
PF00005 ABC_tran 105-260 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788825.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 105 260 1.2e-31 110.9 ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932842.1
GAGAAAGAAAAATCTTGAAATGACTAAACCTCAACCCACGAAATTCGGGAAATTCTCTTTTTTTGTATTTTTTTCTTTTTTGTTTTTAGGAAAAAAAGAAAAAATAAGAGTGAAGAAAGCATAGCGGCCGATGGCCACCGTCCTCAATTTCCACCCGAGCCATCGCCGCCTCCACCGCAACTCCGCCGCCGCGGTATTCCTTATCTCCCCGCGCCTCCACTTCCATTTTTTCTGATTAGAACATCGTCCAAGTTGAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005771
ATGGCGTCGGCGGCGGCTTCCATATCTCACAGGCCTCTCAGTGCATGCAATACTCGCCGGCGCTCTAATGTATTGCCATCTTTGCCGGCGGTTTTGCCTGTTTCTTCTTCTGCTTCTATTGACGACGAAAATGCTCCGAGAAATAGAAGGGTTTCTTGTGCTTGCGTTGCTCCGCCTCAAAATTACCAGCCTGCAAACTTTAAAGGTGCTCACAAGATTGATAATTCAAGCATGAACAAGGAGGATGAGGATGGGCCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788825.1
MASAAASISHRPLSACNTRRRSNVLPSLPAVLPVSSSASIDDENAPRNRRVSCACVAPPQNYQPANFKGAHKIDNSSMNKEDEDGPDVLIECRDIYKSFGEKHILRGVSFKIRHGEAVGIIGPSGTGKSTILKIMAGLLAPDKGEVLIRGRRRHGLISDEEISGLRIGLVFQSAALFDSLTVRENVGFLLYENSTMSEDKIAELVTETLAAVGLKGVEDRLPSELSGGMKKRVALARSIINDTTKHAIEPEVLLYDEPTA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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