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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005440

染色体: Chr01 坐标: 71519011-71521445 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005440
名称SmilChr01G005440
描述receptor-like protein CLAVATA2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71519011 - 71521445 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005769
GeneID131005769
locus_tag-
NCBI NameLOC131005769
原始查询SmilChr01G005440

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein CLAVATA2
产物receptor-like protein CLAVATA2
ArabidopsisAT1G65380 (CLV2)
Leucine-rich repeat (LRR) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842849]
identity=52.6; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0603100 (OJ1669_F01.20)
-
identity=48.1; qcov=0.704; evalue=3e-151; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005769

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057788823.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788823.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788823.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788823.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788823.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71519154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C20
Chr1:71519184 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:71519187 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B129,B49,B50,B55
Chr1:71519188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:71519204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr1:71519209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:71519236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C20
Chr1:71519269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B33,C53,C65
Chr1:71519411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B131,B52,D4
Chr1:71519689 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:71519780 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B112,B27,D3
Chr1:71519780 AG A 1bp_deletion CDS_variant 3 B112,B27,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788823.1
720 aa
N
1
360
720
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF00560 LRR_1 108-127 aa PF13855 LRR_8 108-164 aa PF00560 LRR_1 131-151 aa PF00560 LRR_1 156-177 aa PF00560 LRR_1 180-200 aa PF13516 LRR_6 203-217 aa PF00560 LRR_1 204-218 aa PF00560 LRR_1 249-270 aa PF00560 LRR_1 297-316 aa PF00560 LRR_1 348-370 aa PF00560 LRR_1 373-392 aa PF00560 LRR_1 397-417 aa PF00560 LRR_1 420-442 aa PF13855 LRR_8 420-479 aa PF00560 LRR_1 444-465 aa PF00560 LRR_1 468-488 aa PF13855 LRR_8 560-614 aa PF00560 LRR_1 581-601 aa PF00560 LRR_1 604-626 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 108 127 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 108 164 4e-46 155.3 Leucine rich repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 131 151 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 156 177 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 180 200 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 203 217 2.3e-10 40.4 Leucine Rich repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 204 218 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 249 270 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 297 316 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 348 370 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 373 392 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 397 417 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 420 442 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 420 479 4e-46 155.3 Leucine rich repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 444 465 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 468 488 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 560 614 4e-46 155.3 Leucine rich repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 581 601 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat
XP_057788823.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 604 626 9.1e-56 174.4 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932840.1
CACAGACACACAGTATTCAAGAATTTGTACTGCGCTTTATTGTTGTGTGTGATATTATTATTTATTGTATTATTCCCTTTGGCTTTCCATCACTGACCTTTCCCTTTCCCCTTTCCCCTTTCCCACTCACTCCTCCACTTACCAACAACGAATGTCTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTTCCCAGGTAAGTAAAACACTCCATAGCTACTGTCTTCCATGAAACTGAAGAAATGATAGAGAGAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005769
ATGATAGAGAGAGGCAAGAGGGAAATCGAAATCGAATTCGAAATCAAAATAAAAATCCCAACTTTTTCCATCTTGCTATTGATACCCTTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTACCTCGTGGGTTTTGCGTTTCTCTAAACCCACAAAGTGTGGGCATCGACCCACGAGATAAAGCTGCAATCTTGGAGCTCAAATCCCACTTTGAAGGCGGCGGCGATAATGGCTTCTCCATCTCCAACCGCTCCGGCCGGCTCACGGCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788823.1
MIERGKREIEIEFEIKIKIPTFSILLLIPLLLLLLLLPRGFCVSLNPQSVGIDPRDKAAILELKSHFEGGGDNGFSISNRSGRLTALNLSALNLTGEIHSSLCNLSLLETLILSHNSLRGPIPSCFSLLRNLKVLDLSYNAFHGSAPQAVATLNQLAVLDLSHNVYSGEIPAWIGNFSSKLERLNLGFNNFSGEMPASLYSAMSLLYLDLSHNNLTGVVGDFRQALVQLSLDSNSFSGTLPCFLPAAESLSVLNLARNSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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