Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005441`

染色体: Chr01 坐标: 71521430-71523973 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005441`
名称	SmilChr01G005441
描述	CBS domain-containing protein CBSX6
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71521430 - 71523973 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005770`
GeneID	`131005770`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005770`
原始查询	`SmilChr01G005441`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	CBS domain-containing protein CBSX6
产物	CBS domain-containing protein CBSX6
Arabidopsis	`AT1G65320` (CBSX6) Cystathionine beta-synthase (CBS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842840] identity=67.8; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0920000` (OsCBSCBS5) - identity=53.2; qcov=1; evalue=2.27e-136; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00571 (CBS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005770

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057788824.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057788824.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057788824.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057788824.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788824.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71522021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B41,B44,B91,C51,C74
`Chr1:71522156`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr1:71522885`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr1:71522933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr1:71522975`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B6,C84
`Chr1:71523005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B49,B50,B55
`Chr1:71523090`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B115
`Chr1:71523155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C35,C71
`Chr1:71523260`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B23,B28,C18,C80
`Chr1:71523263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr1:71523333`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr1:71523467`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B46,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788824.1

425 aa

212

425

CBS

PF00571 CBS 360-410 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788824.1`	Pfam	`PF00571`	CBS	Domain	360	410	7.2e-11	43.0	CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932841.1
ATACTGTGTGTCTGTGTGTGAGGGAGAAGACTAATGACTGCATAAACAAAGAATTAACCCTGTGGTTAATGGATAAATTACTTTCGGAATATCTAATTCTCGGTGTATGTGTCGTGTAGCAAAGCATTAGCATTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGAAAAGCATAGCATTGATTGATCATTAAAAAAATGAGTAATTCTGATAAGGATGAGAAGAAGCGAGAACAAGTCAAAGAGAGAGAAGATTTATTGGCGGCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005770
ATGGCGTCGGTGTTTCTGTACCACGTGGTGGGCGATCTGACGGTGGGGAAGCCGGAGCTGTCGGAGTTCTCGGAGACGGAGACGGTGGGCGCGGCGATAGGGGCGATCGGGGATTCGGCGGAGGGAGGGATTCCGGTGTGGCGGAAGAGATCGGTGAAGAGCCCCTACGAGAACACGCAGAGCAGGCAGCAGAGATTCGTCGGCATTCTCAACGCATTGGATATTGTGGCCTTCTTGGCCAGAGAGGATTGCTTGGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788824.1
MASVFLYHVVGDLTVGKPELSEFSETETVGAAIGAIGDSAEGGIPVWRKRSVKSPYENTQSRQQRFVGILNALDIVAFLAREDCLADQEKAINTPVSEVVAADNSALKVVDPGTRLIDALEMMKQGARRLLVPKSLVWRGMSKRFSILYNGKWLKNVDSFGAGSSTNALATRPSSSSTSSIQDKFCCLSREDVLRFLIGCLGALAPLPLSPIASLEAVNPNYCWIEASSPAIDATKKLPNDPCAAAVVEPTPDGQHKILG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器