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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005443

染色体: Chr01 坐标: 71528110-71529022 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005443
名称SmilChr01G005443
描述uncharacterized SmilChr01G005443
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71528110 - 71529022 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005787
GeneID131005787
locus_tag-
NCBI NameLOC131005787
原始查询SmilChr01G005443

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述GRIP/coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820666]; symbol=AT3G14430; hit=AT3G14430; species=arabidopsis; confidence=medium
产物GRIP/coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820666]; symbol=AT3G14430; hit=AT3G14430; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT3G14430 (AT3G14430)
GRIP/coiled-coil protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820666]
identity=74.1; qcov=0.667; evalue=2.38e-24; confidence=medium
RiceOs08g0528601
-
identity=71.2; qcov=0.678; evalue=6.06e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057788854.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057788854.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057788854.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788854.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788854.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71528485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,A3,B61
Chr1:71528560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B16
Chr1:71528592 TC * 1bp_deletion CDS_variant 5 B128,B16,B23,B34,B93
Chr1:71528620 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:71528621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B14,B34,B93,C4
Chr1:71528626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B34,B93,C4
Chr1:71528629 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B128,B34,B93,C4
Chr1:71528629 CA C 1bp_deletion CDS_variant 4 B128,B34,B93,C4
Chr1:71528636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C57
Chr1:71528638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932871.1
ATATCATTTAAAATTAATTTTATTTAAATTTTATCCCATTAAAATGGTGGAATTGGAGAAATCATACAAAGTAAATGCCTATATGAGTAAATACAATTAATTGAGTGGGCCGTAGAAAGGAATGAAAGAAGGCCCATTGTGATGTTTGAAGCCCAACAACTGCGGCCCCCAACCCATGTTTACCTTTCTTTTGTCCAAATCCCACCAATCAATCAAACTTCCTAATTTTCAATCCCCAGCTAGCTACGAGTAAACCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005787
ATGGCGAAGAGAACCGGTGCGCCGGGGATGATAGGTTTCGACGGCGTCCGGCGGAGAAGAGCCGTAGAATCGCTGCCGCCGCCGTCGGTGTTGACTCGCGCTGTGAGCTCCGTTTTCAGCTTTGTCCGCTTCGCTGAATTCGAGATCCTCTTCGTTCTCTTCTTCCTCACGGCTTTCGTCATCTTCAAAGATCTGACCTCAAGACCTGAATACAATGATATCATGGTGAAGAAGCCCGGTGGCCGCGATTGGTGGCCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788854.1
MAKRTGAPGMIGFDGVRRRRAVESLPPPSVLTRAVSSVFSFVRFAEFEILFVLFFLTAFVIFKDLTSRPEYNDIMVKKPGGRDWWPH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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