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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005448

染色体: Chr01 坐标: 71552051-71552827 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005448
名称SmilChr01G005448
描述protein METHYLENE BLUE SENSITIVITY 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71552051 - 71552827 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005786
GeneID131005786
locus_tag-
NCBI NameLOC131005786
原始查询SmilChr01G005448

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein METHYLENE BLUE SENSITIVITY 1-like
产物protein METHYLENE BLUE SENSITIVITY 1-like
ArabidopsisAT3G02790 (AT3G02790)
zinc finger (C2H2 type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820985]
identity=69.5; qcov=1.01; evalue=3.47e-48; confidence=medium
RiceOs06g0708600
-
identity=73.7; qcov=1.1; evalue=2.74e-52; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005786

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788853.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788853.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057788853.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057788853.1
5 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057788853.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71552336 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B73,C19,C3
Chr1:71552393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C1,C35,C71
Chr1:71552534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B83,C1,C35,C71
Chr1:71552644 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 58 A11,A23,A5,A7,B104,B105,B108,B117,B118,B125,B127,B131,B133,B18,B21,B24,B26,B28,B29,B32,B35,B41,B42,B43,B48,B52,B58,B59,B62,B64,B80,B85,B94,C15,C17,C18,C20,C22,C23,C25,C28,C38,C40,C44,C50,C52,C53,C59,C60,C61,C70,C73,C78,C79,C82,D4,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932870.1
AAATTGTCTCATAATTTTGCGAAACACAATAAATCGATCGAAATCGCAATTCGCAAAAGGGGGGAGAGAATCTTTATCATGTATATCACTCTGCAAATCCCTTAAAAAAAAAAAAAAAAATCTACGAGCACGCATATATATATATATATATGCATACATATACACATAACTGCGGTATATTGTGTGTGATCGGCGTCGTCGCAATTCGTATTCAGCGTAAAGTAAACCCCCGCGGCGCCAAAATCCGCCTCCCCGATTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005786
ATGACCGGAAAGGCGAAACCGAAGAAGCACACAGCCAAGGAGATTGCCGCGAAAGTCGACGCCGCCACCACCAACCGCGGCGGAGGCAAGGCCGGCCTCGCCGATCGCTGCGGGAAGGAGAAGGGCGGCCACGCCAAGCTGGAGTGCCCCCTCTGCAAGGTCACCGCCCCCGACGTGAAATCGATGCAGATCCACCACGACGCCCGCCATCCCAAGGTCCCTTTCGACGAAACAAAGCTCAATAACCTTCACGGCACCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788853.1
MTGKAKPKKHTAKEIAAKVDAATTNRGGGKAGLADRCGKEKGGHAKLECPLCKVTAPDVKSMQIHHDARHPKVPFDETKLNNLHGTNEAEPSKARPGVRGSLKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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