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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005468

染色体: Chr01 坐标: 71667769-71670845 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005468
名称SmilChr01G005468
描述uncharacterized SmilChr01G005468
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71667769 - 71670845 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005799
GeneID131005799
locus_tag-
NCBI NameLOC131005799
原始查询SmilChr01G005468

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788868.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057788868.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057788868.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788868.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788868.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71667975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,C72
Chr1:71668021 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:71668045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B3,C76
Chr1:71668061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B3,C76
Chr1:71668067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B3,C76
Chr1:71668161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:71668586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr1:71668973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:71669440 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:71669668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:71670103 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 17 A25,B115,B12,B129,B130,B132,B20,B36,B55,B72,B74,B76,B86,C28,C32,C68,C86
Chr1:71670156 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 32 A25,B114,B115,B129,B130,B132,B137,B140,B15,B20,B32,B36,B38,B46,B55,B59,B63,B72,B76,B86,B98,C22,C28,C32,C51,C61,C63,C65,C67,C68,C71,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932885.1
TTTCGACTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCACCTTCCATCCAAATTCCGATTCACGCTTACATACTCGTTTAATGTTTTATACGGATTCATTAAACTGATTCAAATGCTTGATTATAACCTTTATAAATCGTGATCTATCCGAGAATTCAATTTTTCATCCACCATTTTCGAGGTATTGATACTCATATTGTGGATTTCGAGAGAAACTGATCGCGTTAGGGTTTTCATTGGACATTTCCCCTTTTTCAATTTTGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005799
ATGGACGAGATCAAACGATCCTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGCAGCAGAAACTCTGCTTTTCAGATAGGGTATGTATTGTTTGCCGGCATCGTGATTATGATGATTTCAATGGCTACTTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGATCTAAGGGGGTTTTACACTACGATATCCTACTCAATTATGATCTTAGCATGTCAGTTTGTGGTCTTGATTCCACACTTTATTTTGTTGAATCTCTTAGTTGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788868.1
MDEIKRSFDGAVAQQQKLCFSDRVCIVCRHRDYDDFNGYFIFVVDLSELVNGSKGVLHYDILLNYDLSMSVCGLDSTLYFVESLSCSESRKIHILDVETRRQCLKLRAKDLLSLAPMLGPKRLARIASMPRTKKIIVFSSQFQVFLYNPNLADDGFTDEFDEYIDFETYDVGTNTWEKIPPLVILKVYGNGNFMNPSFFLLHGAEKIEIPRNAWDEDFGIYEISRYTLIDEDVFLVQLDCGIMLTLDLKSPSKGWKLYDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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