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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005470

染色体: Chr01 坐标: 71686096-71689393 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005470
名称SmilChr01G005470
描述uncharacterized SmilChr01G005470
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71686096 - 71689393 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005801
GeneID131005801
locus_tag-
NCBI NameLOC131005801
原始查询SmilChr01G005470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788870.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057788870.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057788870.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788870.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788870.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71686307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:71686397 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B132,B94,C10,C66
Chr1:71686435 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 11 A15,A20,B104,B134,B18,B37,B72,B98,C12,C54,D3
Chr1:71686442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:71686473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B27,B63,D7
Chr1:71686488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B68,B78,C26,C8
Chr1:71686506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,C11,C69
Chr1:71686536 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr1:71686536 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr1:71686642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr1:71686670 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B78,C26,C61,C8,D5
Chr1:71686711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932887.1
TGAAGACGAAGCCTTGTGCTATTCACACTGCCGCGGCGGCAATAACTTGATTTCGGCTGCTCCATCAATTCCGCAACCACACCGCCCAATTTCCGGAAATTTTCCCTTTTTAAATTTTGGCGGGATGGGAGAGATCAAACGATCGTTTGATACAGCACTAGCGCAGCAGCAGCAGCAGAAACTCTGCTTTTCAGATAAGGTGTGTATTGTTTGCCGTGTGTTTTCGGGGCATGGTGATTGTGCTGATTTCAAAGGCTACC...
XM_057932888.1
ACACTGCCGCGGCGGCAATAACTTGATTTCGGCTGCTCCATCAATTCCGCAACCACACCGCCCAATTTCCGGGATACTGATCAGACTAGGGTTTTCATAGGAAATTTTCCCTTTTTAAATTTTGGCGGGATGGGAGAGATCAAACGATCGTTTGATACAGCACTAGCGCAGCAGCAGCAGCAGAAACTCTGCTTTTCAGATAAGGTGTGTATTGTTTGCCGTGTGTTTTCGGGGCATGGTGATTGTGCTGATTTCAAAGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005801
ATGGGAGAGATCAAACGATCGTTTGATACAGCACTAGCGCAGCAGCAGCAGCAGAAACTCTGCTTTTCAGATAAGGTGTGTATTGTTTGCCGTGTGTTTTCGGGGCATGGTGATTGTGCTGATTTCAAAGGCTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGGTCTAAGAAGGATTTACAATACAATATCCTGCTCAATTATGGTCTTAGCACGTCAGTTTGTGGTCTTGATTCCACACTTTATTTAGT...
LOC131005801
ATGGGAGAGATCAAACGATCGTTTGATACAGCACTAGCGCAGCAGCAGCAGCAGAAACTCTGCTTTTCAGATAAGGTGTGTATTGTTTGCCGTGTGTTTTCGGGGCATGGTGATTGTGCTGATTTCAAAGGCTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGGTCTAAGAAGGATTTACAATACAATATCCTGCTCAATTATGGTCTTAGCACGTCAGTTTGTGGTCTTGATTCCACACTTTATTTAGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788870.1
MGEIKRSFDTALAQQQQQKLCFSDKVCIVCRVFSGHGDCADFKGYLIFVVDLSELVNGSKKDLQYNILLNYGLSTSVCGLDSTLYLVESLSCSESRKVHTLDVVTKHQCLKLRAKHLGSLPPMFGTKRFALIASIPSTKKILVFSSQFKVFMHTPNLADDDDGFGGDSDEDIDFEMYDVGTNTWEKLPPLIILKVYGNGNFTNPSFFLLHGAEETEIPRNAWDEDFGIYEISRYTLIDEDVFLVQLTCGIMLTLDLKSPS...
XP_057788871.1
MGEIKRSFDTALAQQQQQKLCFSDKVCIVCRVFSGHGDCADFKGYLIFVVDLSELVNGSKKDLQYNILLNYGLSTSVCGLDSTLYLVESLSCSESRKVHTLDVVTKHQCLKLRAKHLGSLPPMFGTKRFALIASIPSTKKILVFSSQFKVFMHTPNLADDDDGFGGDSDEDIDFEMYDVGTNTWEKLPPLIILKVYGNGNFTNPSFFLLHGAEETEIPRNAWDEDFGIYEISRYTLIDEDVFLVQLTCGIMLTLDLKSPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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