Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005479`

染色体: Chr01 坐标: 71771291-71771956 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005479`
名称	SmilChr01G005479
描述	protein EARLY FLOWERING 4
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71771291 - 71771956 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005812`
GeneID	`131005812`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005812`
原始查询	`SmilChr01G005479`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein EARLY FLOWERING 4
产物	protein EARLY FLOWERING 4
Arabidopsis	`AT2G40080` (ELF4) EARLY FLOWERING-like protein (DUF1313) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818596] identity=60.9; qcov=0.813; evalue=2.15e-33; confidence=medium
Rice	`Os11g0621500` (ELF4_chr.11) - identity=45; qcov=0.748; evalue=3.72e-21; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0009649 (entrainment of circadian clock); GO:0042753 (positive regulation of circadian rhythm)
KEGG	-
Pfam	PF07011 (Elf4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005812

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057788886.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057788886.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057788886.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788886.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788886.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71771464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B74,C33
`Chr1:71771509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C30
`Chr1:71771593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B74,C26,C28
`Chr1:71771594`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,C1,C13,C67
`Chr1:71771612`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B39,B58
`Chr1:71771636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B39,B58,C13
`Chr1:71771647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr1:71771648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B39,C26,C28
`Chr1:71771665`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788886.1

107 aa

107

Elf4

PF07011 Elf4 19-99 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788886.1`	Pfam	`PF07011`	Elf4	Domain	19	99	4.6e-40	136.1	Early Flowering 4 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932903.1
GAGGTGAAATTCACGCGGCAGAGTGCGCGTGGCCGGAGCCAGGCATAGTCAGCTGTCCAATCTGTTTCGCCAAAGAAAGAGATAATCCCACAAAAATAAAAAGGATAAGCAAAAACCGTCCCCACTCTGTGGAATAGCTACAAAAACCCCAAACATCCTCCCCAATTTTCTCCATGAACGAAATCGCCGCCTCGCGCCGCCGCCTCTGAATCTGGCATGGACCACCTCTCCCCCAAATCTACCGCCACCGAACAGGCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005812
ATGGACCACCTCTCCCCCAAATCTACCGCCACCGAACAGGCCGACGAGATCGACGGCGATCCGGCCGTTTGGGCCGCCTTCTCGCAGAATTTCCGGCAGGTGCAGTCGGTGCTCGACCGCAACCGCCTCCTCATCCAGCAGGTCAACGAGAATCACCAATCCAAAGTCCACGACAATCTGGTGAAGAACGTCTCCCTGATTCAGGAGATCAACGGCAACATATCCAAGGTCGTCTCCATGTACTCCGATCTCTCCTCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788886.1
MDHLSPKSTATEQADEIDGDPAVWAAFSQNFRQVQSVLDRNRLLIQQVNENHQSKVHDNLVKNVSLIQEINGNISKVVSMYSDLSSNFTTVCHQHRDDDKRNSGEKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器