Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005507`

染色体: Chr01 坐标: 71928465-71932381 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005507`
名称	SmilChr01G005507
描述	signal peptidase complex subunit 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71928465 - 71932381 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005843`
GeneID	`131005843`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005843`
原始查询	`SmilChr01G005507`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	signal peptidase complex subunit 2
产物	signal peptidase complex subunit 2
Arabidopsis	`AT2G39960` (AT2G39960) Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818583] identity=71.9; qcov=1; evalue=3.48e-101; confidence=high
Rice	`Os02g0565200` - identity=66.9; qcov=0.911; evalue=5.85e-80; confidence=high
GO	GO:0005787 (signal peptidase complex); GO:0006465 (GO:0006465); GO:0016020 (membrane); GO:0045047 (protein targeting to ER)
KEGG	smil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF06703 (SPC25)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005843

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057788927.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057788927.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788927.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788927.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788927.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71928576`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:71928594`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:71928624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:71929474`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,C41,C49
`Chr1:71931876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:71931885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C33
`Chr1:71931949`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C23
`Chr1:71931999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788927.1

192 aa

192

SPC25

PF06703 SPC25 25-182 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788927.1`	Pfam	`PF06703`	SPC25	Family	25	182	4.5e-40	137.7	Microsomal signal peptidase 25 kDa subunit (SPC25)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932944.1
CTTCCAGTCATACTGTAACTGTAGAATCAATTCATTTTCAGACAATAACCCTAGAATCGAGACATCGGAGATAATGCAGGAGAAGAAAGTGGAAAAGCCAGCCAACAAGAACCCTAAAAAGGCCAATCTGCTCGATCACAATTCCATCAAGCACATTCTCGATGAGTCTGTCACTGAGATCGTGACGAGCAAAGGGTATCCTGAAGATGTTAGGATGAGTAACATTCGGTTGCTGATTGGGGCGATCATCATTGTTATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005843
ATGCAGGAGAAGAAAGTGGAAAAGCCAGCCAACAAGAACCCTAAAAAGGCCAATCTGCTCGATCACAATTCCATCAAGCACATTCTCGATGAGTCTGTCACTGAGATCGTGACGAGCAAAGGGTATCCTGAAGATGTTAGGATGAGTAACATTCGGTTGCTGATTGGGGCGATCATCATTGTTATTGCGATCTTCGCGCAGTTTTACAACAAGAAGTTCCCCGAGAACCAGAACTTCCTCATCGGCTGCATCGTTTTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788927.1
MQEKKVEKPANKNPKKANLLDHNSIKHILDESVTEIVTSKGYPEDVRMSNIRLLIGAIIIVIAIFAQFYNKKFPENQNFLIGCIVLYVLFNGILQLIINMKEKNAILFTYPPPDSFNSTGLVITSKMPRFSDMYTLIIASADPQSISARPPVEFTKSVTKWFTKDGVLVEGIFWKDVEGLINEYAKESRKTK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器