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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005516

染色体: Chr01 坐标: 71982603-71983498 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005516
名称SmilChr01G005516
描述uncharacterized SmilChr01G005516
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71982603 - 71983498 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005854
GeneID131005854
locus_tag-
NCBI NameLOC131005854
原始查询SmilChr01G005516

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0724700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os01g0724700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G32870 (AT4G32870)
Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829423]
identity=30; qcov=0.852; evalue=4.86e-18; confidence=low
RiceOs01g0724700
-
identity=31.9; qcov=0.892; evalue=5.07e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005854

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788939.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788939.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057788939.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788939.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788939.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71982853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:71982948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:71982975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:71983221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B90,B92,C2,D10
Chr1:71983306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788939.1
176 aa
N
1
88
176
Polyketide_cyc2
C
PF10604 Polyketide_cyc2 25-145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788939.1 Pfam PF10604 Polyketide_cyc2 Family 25 145 1.5e-16 61.6 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932956.1
CTTTGTTTGTTTTCTACCTTTTGTCTTTGTCTTTGTCTTTGTCTTTGTAGTTTCCAAAGCTTTTCTTGTGCTAGGAATCATCTTCTTTTGTAGTTTCCAAAGCTTCATTTTTTCTTGCCTACTACAAAACCAAGGTGCCCTAATAGATATTTGCAAGAAGATAGCAAGGTTTCATGGCTGTTGTTCAAGAGGGAAATGAGGTGATGAATAAGAGCCAGAAATGGCATGGAGCAGTAGGAGGCATTGTTGATGCACCAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005854
ATGGCTGTTGTTCAAGAGGGAAATGAGGTGATGAATAAGAGCCAGAAATGGCATGGAGCAGTAGGAGGCATTGTTGATGCACCAATAGAAAAAGTTTGGGACATGGTTTCTCGAAGCAGCAGACTGCACGAATGGATGCCGATGGTGGAGAAGTGCAGCCATCTGGCCGGGGAGGAAGGCGTTGCAGGCCACATCCGGTTAGTCTCGGGTTTCATGTTCCCACAGAGAGACGAGGACAGGTCGTGGATCAAGGAAAGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788939.1
MAVVQEGNEVMNKSQKWHGAVGGIVDAPIEKVWDMVSRSSRLHEWMPMVEKCSHLAGEEGVAGHIRLVSGFMFPQRDEDRSWIKERLVSMDSSSHSYTYRLESSNVGLDGSSNSLKLVDYGDGSTLVDWRFEISPVEGASEEQIMDYLGYLYKSCINRIEGAIEVSSRNSVTFLNQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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