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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005523

染色体: Chr01 坐标: 72100465-72104829 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005523
名称SmilChr01G005523
描述receptor-like protein 33
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72100465 - 72104829 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012622
GeneID131012622
locus_tag-
NCBI NameLOC131012622
原始查询SmilChr01G005523

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 33
产物receptor-like protein 33
ArabidopsisAT5G25910 (RLP52)
receptor like protein 52 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832660]
identity=38.9; qcov=0.828; evalue=8.44e-91; confidence=medium
RiceOs12g0222800
-
identity=41.7; qcov=0.76; evalue=3.01e-90; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012622

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796593.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796593.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796593.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796593.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796593.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72100567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,C58,C78
Chr1:72100601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,C58,C78
Chr1:72100605 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B17,B38,B48,B51,B7,B8,B95,C28,C7,C76
Chr1:72100652 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 3 C45,C60,D10
Chr1:72100652 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 3 C45,C60,D10
Chr1:72100664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C57
Chr1:72100670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:72100678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr1:72100691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr1:72100708 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr1:72100729 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 46 A1,A4,A6,A7,B101,B105,B12,B121,B127,B129,B13,B133,B137,B21,B4,B46,B47,B52,B54,B64,B65,B72,B78,B89,C1,C10,C16,C19,C20,C22,C23,C27,C29,C31,C32,C34,C37,C42,C47,C52,C59,C68,C80,C81,C83,C87
Chr1:72100759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B133,C29,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796593.1
571 aa
N
1
286
571
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF23598 LRR_14 38-123 aa PF00560 LRR_1 44-66 aa PF13855 LRR_8 44-103 aa PF00560 LRR_1 68-90 aa PF00560 LRR_1 92-114 aa PF00560 LRR_1 117-138 aa PF13855 LRR_8 117-176 aa PF00560 LRR_1 142-163 aa PF13855 LRR_8 142-200 aa PF13516 LRR_6 165-179 aa PF00560 LRR_1 165-187 aa PF00560 LRR_1 216-232 aa PF00560 LRR_1 283-302 aa PF00560 LRR_1 304-325 aa PF00560 LRR_1 329-349 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796593.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 38 123 1.3e-24 87.3 Leucine-rich repeat region
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 44 66 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 44 103 1.8e-28 98.8 Leucine rich repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 68 90 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 92 114 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 117 138 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 117 176 1.8e-28 98.8 Leucine rich repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 142 163 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 142 200 1.8e-28 98.8 Leucine rich repeat
XP_057796593.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 165 179 7.2e-09 35.7 Leucine Rich repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 165 187 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 216 232 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 283 302 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 304 325 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat
XP_057796593.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 329 349 1.3e-41 132.2 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940610.1
ATGGTTCTTATGACATCGCTCGTATATGGTACCATTCCTAGAGAATTATTCACAGCTAAAATAGAGAGTATTGATCTCTCCACTAACCTTTTCGAAGGCTCCATACCACCAAATATTGAAAAATCCCACAACTTAACTTACCTCAACTTGGCCACAAACAATCTCTCCTCCTCCATACCTTCCACCATTGGAAACCTCCACTCCCTCAAAACCCTAATCCTCCACTCCAACAGCTTCATTGGACAGATTCCATCATCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012622
ATGGTTCTTATGACATCGCTCGTATATGGTACCATTCCTAGAGAATTATTCACAGCTAAAATAGAGAGTATTGATCTCTCCACTAACCTTTTCGAAGGCTCCATACCACCAAATATTGAAAAATCCCACAACTTAACTTACCTCAACTTGGCCACAAACAATCTCTCCTCCTCCATACCTTCCACCATTGGAAACCTCCACTCCCTCAAAACCCTAATCCTCCACTCCAACAGCTTCATTGGACAGATTCCATCATCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796593.1
MVLMTSLVYGTIPRELFTAKIESIDLSTNLFEGSIPPNIEKSHNLTYLNLATNNLSSSIPSTIGNLHSLKTLILHSNSFIGQIPSSICNLTSLQFLHLSNNTLHGAIPKCLGHLSKSLQVLHLKENAFHGLIPPSFPNGCALESLDLNGNHLRGKLPQTLANCGKLQVLDVGNNRIQDEFPFWLQTLADLRVLVLSRNRFNGAVSPIDDDRAPFQKLQVLDISENKFNGSLPTRYLATFPAMMNARENVTEKRNWFSKYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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