Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005526`

染色体: Chr01 坐标: 72128404-72131199 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005526`
名称	SmilChr01G005526
描述	proline transporter 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72128404 - 72131199 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005923`
GeneID	`131005923`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005923`
原始查询	`SmilChr01G005526`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proline transporter 2-like
产物	proline transporter 2-like
Arabidopsis	`AT2G39890` (PROT1) proline transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818576] identity=76.8; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0100800` (OsProT3) - identity=73.4; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01490 (Aa_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057789026.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789026.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789026.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789026.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789026.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72128638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr1:72128773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B137,B51,B74,C74
`Chr1:72128778`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr1:72128833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,C13
`Chr1:72128854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,C2,C59
`Chr1:72128902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B104,B59,C55,D6
`Chr1:72129078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr1:72129081`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,C14
`Chr1:72129174`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr1:72129542`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:72129653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B127,B3,C27,C39
`Chr1:72129701`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B44,C21,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789026.1

445 aa

222

445

Aa_trans

PF01490 Aa_trans 38-429 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789026.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	38	429	3.4e-85	286.9	Transmembrane amino acid transporter protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933043.1
GCTGCTGGATATATATGGACGAGCCCCCAATCAGAGGAATCCCGCAGCCATTTGTGCTCTCTGAATTCGTGAGCGCTTTCCCACACACGGTCATTGTGTGTTTTGTGTGTGTTGGGGATTTTTTCTTGAATTCTTTTTATTGAAGGGTGCATAGCTGGTGGTGTATAGCGAGATAGCGGCGGAGAGGAAGTGAGCGCGGCGGCGTTGGAGGAGGAGGCAACGCGGTTGCTGCTGCTACCCATGGAAATGGAGGCTCCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005923
ATGGAAATGGAGGCTCCTGAAGGAAACGGCGTCGTCGGGTCTGATGGAAAAGTCCACTCCGATTATCATTTGGATGTTGCAATTCCGGAAACTGCGCACCAGATTAGCCACGATTCCTGGTTTCAAGTTGGATTCGTTCTCACAACGGGGATAAACAGCGCCTACGTGCTAGGATACTCTGGCACCATCATGGTTCCGTTGGGCTGGACTGGCGGCGTGGTTGGACTTATTCTAGCAACCGCGATATCTTTGTACGCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789026.1
MEMEAPEGNGVVGSDGKVHSDYHLDVAIPETAHQISHDSWFQVGFVLTTGINSAYVLGYSGTIMVPLGWTGGVVGLILATAISLYANTLVAKLHEFGGKRHIRYRDLAGFIYGKKAYALTWGLQYVNLFMINVGYIILAGSALKAVYVLFRDDNDMKLPYFIAIAGIVCAVFAICIPHLSALRIWLAFSTFFSLVYIVVGFTLALKDGVDTAADYNIPGTKAGKIFSTIGAAANLVFAFNTGMLPEIQATVRPPVVQNMM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器