Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005535`

染色体: Chr01 坐标: 72183756-72186006 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005535`
名称	SmilChr01G005535
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72183756 - 72186006 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005907`
GeneID	`131005907`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005907`
原始查询	`SmilChr01G005535`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
产物	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
Arabidopsis	`AT1G78270` (UGT85A4) UDP-glucosyl transferase 85A4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844162] identity=37.5; qcov=0.994; evalue=1.03e-104; confidence=medium
Rice	`Os07g0486700` - identity=40.6; qcov=0.99; evalue=8.29e-116; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057789010.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057789010.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789010.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789010.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789010.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72183939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr1:72184058`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,C45,C60
`Chr1:72184069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B41,B74,B76,B77,B94
`Chr1:72184170`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A21,B124,B28,C80
`Chr1:72184182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr1:72184315`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B114,B4,C4
`Chr1:72184315`	`G`	`GTT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B114,B4,C4
`Chr1:72184318`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B4,C4
`Chr1:72185010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C86
`Chr1:72185012`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B35
`Chr1:72185028`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr1:72185204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789010.1

480 aa

240

480

UDPGT

PF00201 UDPGT 288-414 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789010.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	288	414	2e-24	87.0	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933027.1
TGGAATAATGTTGTAAACATCAAAAGTGGAACATAATCTGTTTGGACAAATTTGTGCCTCAAATTCATTCATCTATAAATTGCAATACCCTGCAATACTCAGAAACAAGAGCATGAATTTACAGAAATAGTAAGTATTTAGCAAGATTTGGATAAGGCGAAGATGAGCTGTGAACAAGGACAAGATCTCCCGCCGCACGTGCTGATTTTCCCTTATCCAATTCAGGGGCATCTCAACCCCATGCTCAATCTCGCGCATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005907
ATGAGCTGTGAACAAGGACAAGATCTCCCGCCGCACGTGCTGATTTTCCCTTATCCAATTCAGGGGCATCTCAACCCCATGCTCAATCTCGCGCATCTCTTCTGCTTATTCGACTTCCACGTCACCTTCATCATCTCCGACTTCAACCACCGCCGCCTCCTCGAGCACAACACCGTCCCCGCCGCTTTCGCCCGCCACCCGGGGTTCGAGTTCCGGGCTCTCCCCGACGGCCTACCTGACGACCACCCCCGCGCCGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789010.1
MSCEQGQDLPPHVLIFPYPIQGHLNPMLNLAHLFCLFDFHVTFIISDFNHRRLLEHNTVPAAFARHPGFEFRALPDGLPDDHPRAGERAKDLIFSIEKVTVPLFKKMMVQENFLGGAARRRVTCFVADVMTLGAPDFAREHQLPLILFQTASAAFSWSHFCFPRLLQAQDIPFRGNSMDELVESVPGMEGFLRRRDLPSFYRVDDVNDPTLQAITERVTAKERVIFNTCEDLESPIVAEIQKHVTRIFSIGPIHEQIKYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器