当前解析结果
SmilChr01G005546| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005546 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005546 |
| 描述 | probable cyclic nucleotide-gated ion channel 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72265015 - 72269057 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006022 |
|---|---|
| GeneID | 131006022 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006022 |
| 原始查询 | SmilChr01G005546 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable cyclic nucleotide-gated ion channel 5 |
| 产物 | probable cyclic nucleotide-gated ion channel 5 |
| Arabidopsis | AT5G57940 (CNGC5)cyclic nucleotide gated channel 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835905] identity=85.1; qcov=0.858; evalue=5.41e-66; confidence=high |
| Rice | Os12g0468500 (OsCNGC17)- identity=58.9; qcov=1.07; evalue=3.75e-54; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00520 (Ion_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006022 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057789158.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789158.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789158.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789158.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789158.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789158.1PF00520
Ion_trans 1-122 aa
XP_057789159.1PF00520
Ion_trans 1-121 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789158.1 |
Pfam | PF00520 |
Ion_trans | Family | 1 | 122 | 4.1e-06 | 26.9 | Ion transport protein |
XP_057789159.1 |
Pfam | PF00520 |
Ion_trans | Family | 1 | 121 | 1.1e-05 | 25.5 | Ion transport protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。