当前解析结果
SmilChr01G005562| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005562 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005562 |
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72428708 - 72431033 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005914 |
|---|---|
| GeneID | 131005914 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005914 |
| 原始查询 | SmilChr01G005562 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| 产物 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| Arabidopsis | AT1G22340 (UGT85A7)UDP-glucosyl transferase 85A7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838841] identity=36.4; qcov=1.01; evalue=3.2e-100; confidence=medium |
| Rice | Os07g0486700- identity=40.3; qcov=0.996; evalue=1.46e-112; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005914 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057789017.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057789017.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789017.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789017.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789017.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72428849 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr1:72428925 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B44,C21 |
Chr1:72428938 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A16,B41,C2,C36,D6 |
Chr1:72429004 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B92,C85 |
Chr1:72429047 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr1:72429048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B92,C85 |
Chr1:72429050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B92 |
Chr1:72429050 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B92 |
Chr1:72429074 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B124,B25,B79,B96,D6 |
Chr1:72429074 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B124,B25,B79,B96,D6 |
Chr1:72429112 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B125,B66,B90,B92 |
Chr1:72429196 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789017.1PF00201
UDPGT 283-437 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789017.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 283 | 437 | 2.4e-24 | 86.7 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。