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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005571

染色体: Chr01 坐标: 72478963-72481254 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005571
名称SmilChr01G005571
描述7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72478963 - 72481254 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005905
GeneID131005905
locus_tag-
NCBI NameLOC131005905
原始查询SmilChr01G005571

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
产物7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
ArabidopsisAT1G22380 (UGT85A3)
UDP-glucosyl transferase 85A3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838845]
identity=38.2; qcov=0.986; evalue=1.31e-110; confidence=medium
RiceOs07g0486700
-
identity=40.9; qcov=0.988; evalue=4.89e-116; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789008.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789008.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789008.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789008.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789008.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72479234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:72479258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B117,B20,B40,D6
Chr1:72479327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,C40,C50
Chr1:72479444 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr1:72479496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B24
Chr1:72479522 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 7 B19,B46,B94,B95,C10,C2,C51
Chr1:72479580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:72479600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C7
Chr1:72479609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B86
Chr1:72480299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B55,C23
Chr1:72480324 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,C71
Chr1:72480489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789008.1
483 aa
N
1
242
483
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 293-448 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789008.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 293 448 5.9e-25 88.8 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933025.1
TATATTGTATCTGTCGGTATTTTTTTGGAGATATTCATAAAAGTATATTCTTTACTGCTTCATAAAAATTGCAATGCTTCACCCTCCAAATCTTCATGCCTAAATTTACAATTGAGATTTATTTGCCTCAATATCCGTGCGCATCGGTGGTTGTGTTTATACACCTTATCTCAAGAAATTTAGCAAGATTTCCCTAAAAAAAATTAAAAAAAAAATAGCAAGATTTGAATTGGAAGAAGATGAGCTCTGAAGAAGGAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005905
ATGAGCTCTGAAGAAGGAAAAGATCTCCCGCCGCACGTGCTGATTTTCCCGTTTCCGGTTCAGGGGCATCTCAACTCGATGCTGAATCTCGCGCAGCTCTTCTGCTTAGCCGACTTCCACGTCACCTTCATCGTCTCCGATTTCAGCCACCGCCGCCTCCTCCGCCACAGCACCGTCCCGGCCACCTTCGCCCGCTACCCGGGATTCCAGTTCCGGACTCTGCCCGACGGCCTCCCCGACGACCACCCCCGCGCCGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789008.1
MSSEEGKDLPPHVLIFPFPVQGHLNSMLNLAQLFCLADFHVTFIVSDFSHRRLLRHSTVPATFARYPGFQFRTLPDGLPDDHPRAGEGVMEITTSVAAVTVPLFKKMMLHENFLASAARRPVTCFLADGLMSFAADFAGEHQLPLIYFRTATAAYFWALFRFPQLVEAQEFPFGGKSMDGIVESIPGMEGFLRRRDLPSFYRVDEVRGSNLEKVVSVSSKIMRAQAAIFNTCEDLEGPIVAEIQKHVPRIFSIGPIHEQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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