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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005575

染色体: Chr01 坐标: 72490210-72495349 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005575
名称SmilChr01G005575
描述receptor-like protein 43
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72490210 - 72495349 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005870
GeneID131005870
locus_tag-
NCBI NameLOC131005870
原始查询SmilChr01G005575

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 43
产物receptor-like protein 43
ArabidopsisAT1G71400 (RLP12)
receptor like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843481]
identity=34.1; qcov=1.02; evalue=1.21e-141; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=35.6; qcov=0.897; evalue=3.33e-120; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005870

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057788957.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788957.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788957.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788957.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788957.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72490332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr1:72490380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:72490398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C19,C7
Chr1:72490433 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr1:72490544 CA * 1bp_deletion CDS_variant 3 A21,B28,C80
Chr1:72490546 TCA * 2bp_deletion CDS_variant 3 A21,B28,C80
Chr1:72490550 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 4 B55,C23,C87,D9
Chr1:72490550 C CA 1bp_insertion CDS_variant 4 B55,C23,C87,D9
Chr1:72490551 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B55,C23,D9
Chr1:72490551 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 3 B55,C23,D9
Chr1:72490552 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 42 A10,A16,A3,A9,B10,B101,B107,B108,B112,B12,B120,B16,B19,B24,B44,B46,B52,B68,B73,B82,B88,B93,B95,C10,C11,C12,C16,C20,C21,C23,C29,C34,C4,C42,C43,C48,C5,C51,C59,C69,C8,D7
Chr1:72490556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B38,B75,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788957.1
814 aa
N
1
407
814
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 32-72 aa PF00560 LRR_1 101-121 aa PF00560 LRR_1 129-150 aa PF00560 LRR_1 177-197 aa PF23598 LRR_14 197-306 aa PF13855 LRR_8 203-262 aa PF00560 LRR_1 204-225 aa PF00560 LRR_1 227-248 aa PF00560 LRR_1 252-273 aa PF13855 LRR_8 274-334 aa PF00560 LRR_1 275-297 aa PF00560 LRR_1 299-321 aa PF00560 LRR_1 323-345 aa PF13855 LRR_8 323-382 aa PF00560 LRR_1 348-369 aa PF00560 LRR_1 372-393 aa PF00560 LRR_1 395-417 aa PF00560 LRR_1 420-441 aa PF13855 LRR_8 444-503 aa PF00560 LRR_1 468-490 aa PF00560 LRR_1 612-632 aa PF13516 LRR_6 633-647 aa PF00560 LRR_1 634-655 aa PF00560 LRR_1 659-680 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788957.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 72 2.3e-10 41.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 101 121 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 129 150 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 177 197 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 197 306 9.4e-43 147.0 Leucine-rich repeat region
XP_057788957.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 203 262 3.1e-52 174.9 Leucine rich repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 204 225 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 227 248 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 273 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 274 334 3.1e-52 174.9 Leucine rich repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 275 297 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 299 321 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 323 345 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 323 382 3.1e-52 174.9 Leucine rich repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 348 369 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 372 393 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 395 417 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 420 441 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 444 503 3.1e-52 174.9 Leucine rich repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 468 490 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 612 632 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 633 647 5e-10 39.4 Leucine Rich repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 634 655 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat
XP_057788957.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 659 680 5.3e-65 201.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932974.1
CATTGCATCTCTCAAAATGCACACATTTTCCCCATCTTTCCTACTTTGGCCACTCATATTGCTTTCTTGGCTTATCCTCTCAGCTGCACACAACACAACTCATCAAATCAAAAGTGATGAATCTATACTTCTTGCCTTCAAATCCCACATCACTTTAGATCCTCACGATATTTTGAGAAATAATTGGACGAGTGGATCCCCTTTTTGCACGTGGATAGGAGTTACTTGTGATTCACGTCGTAGCAGAGTGACTAAATTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005870
ATGCACACATTTTCCCCATCTTTCCTACTTTGGCCACTCATATTGCTTTCTTGGCTTATCCTCTCAGCTGCACACAACACAACTCATCAAATCAAAAGTGATGAATCTATACTTCTTGCCTTCAAATCCCACATCACTTTAGATCCTCACGATATTTTGAGAAATAATTGGACGAGTGGATCCCCTTTTTGCACGTGGATAGGAGTTACTTGTGATTCACGTCGTAGCAGAGTGACTAAATTAGATATCTCGTTTATGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788957.1
MHTFSPSFLLWPLILLSWLILSAAHNTTHQIKSDESILLAFKSHITLDPHDILRNNWTSGSPFCTWIGVTCDSRRSRVTKLDISFMNLEGSIPREIGNMASLVYLDLSGNSFHGRLPKDICMYNNFQRLKLLDMSFNKLEGDIPSSLYQCPQLESIRLFGNNFGGYVPTQIGNITLLKELDLGGNNLRGRLPKDICKHNKFQRLKLLDLSSNKLEGDIPSNLYQCSQLESINLSHNNFMGYVPRQIGNITLLKELDLRWN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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