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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005592`

染色体: Chr01 坐标: 72569208-72572399 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005592`
名称	SmilChr01G005592
描述	putative disease resistance protein RGA3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72569208 - 72572399 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012696`
GeneID	`131012696`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012696`
原始查询	`SmilChr01G005592`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative disease resistance protein RGA3
产物	putative disease resistance protein RGA3
Arabidopsis	`AT3G14470` (AT3G14470) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820670] identity=31.2; qcov=0.978; evalue=3.84e-103; confidence=low
Rice	`Os05g0492200` (YR1) - identity=31.3; qcov=0.983; evalue=3.72e-115; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14); PF25019 (LRR_R13L1-DRL21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012696

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057796673.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057796673.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796673.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796673.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796673.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72569338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B80,C44,C82
`Chr1:72569358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,B6,B91,C2
`Chr1:72569501`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	189	A1,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A7,A8,B1,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B126,B127,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B3,B31,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B46,B48,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B70,B71,B72,B74,B77,B78,B79,B8,B80,B83,B84,B85,B87,B89,B91,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C42,C44,C45,C46,C47,C5,C50,C51,C53,C54,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C66,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C75,C76,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C85,C86,D11,D2,D4,D7,D9
`Chr1:72569637`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	14	A2,B108,B121,B128,B23,B54,B57,B6,B76,B91,C1,C27,C55,D10
`Chr1:72569643`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	12	A2,B108,B121,B128,B23,B54,B57,B6,B76,C1,C55,D10
`Chr1:72569743`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A9,B115,C25,C30
`Chr1:72569743`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A9,B115,C25,C30
`Chr1:72569808`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	65	A19,A20,A4,A7,B10,B102,B103,B105,B114,B117,B122,B132,B133,B14,B140,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B34,B36,B40,B42,B46,B51,B53,B57,B58,B60,B63,B66,B68,B7,B77,B8,B91,B95,B97,B98,B99,C10,C12,C22,C3,C34,C36,C37,C39,C45,C47,C5,C51,C54,C59,C7,C76,C78,C8,C80,D10,D2,D6,D7
`Chr1:72569897`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B40
`Chr1:72569899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C84,D5
`Chr1:72569918`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C84,D5
`Chr1:72569934`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796673.1

964 aa

482

964

Rx_N

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

LRR_R13L1-DRL21

PF18052 Rx_N 6-93 aa PF00931 NB-ARC 161-327 aa PF23559 WHD_DRP 415-488 aa PF23598 LRR_14 581-909 aa PF25019 LRR_R13L1-DRL21 700-834 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796673.1`	Pfam	`PF18052`	Rx_N	Domain	6	93	4.1e-22	78.8	Rx N-terminal domain
`XP_057796673.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	161	327	5.6e-39	134.2	NB-ARC domain
`XP_057796673.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	415	488	2.5e-18	66.6	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057796673.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	581	909	8.1e-28	97.9	Leucine-rich repeat region
`XP_057796673.1`	Pfam	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	Repeat	700	834	2.1e-25	89.8	R13L1/DRL21 LRRs

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940690.1
ATGGCGGATGCTATGATTTCAGTTGTGGTGGAGAGAGTTGCAGCTATCATTGAAGATCAGATTCGCAACGAGGTCAATTTGGTGAGAGGCGTTGAGAAGGAGCTTCTCGATCTCTCCGACAAACTCAACACGATCAAAAATGTGTTGGATGATGCTGAAAAGAAAGGAGTGAACGACCAAAGCGTCAAAACTTGGTTGAAGAAGCTCAACGATACCGCCTATGAGATGGATGACATCTTGGATGAATGGAACTACACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012696
ATGGCGGATGCTATGATTTCAGTTGTGGTGGAGAGAGTTGCAGCTATCATTGAAGATCAGATTCGCAACGAGGTCAATTTGGTGAGAGGCGTTGAGAAGGAGCTTCTCGATCTCTCCGACAAACTCAACACGATCAAAAATGTGTTGGATGATGCTGAAAAGAAAGGAGTGAACGACCAAAGCGTCAAAACTTGGTTGAAGAAGCTCAACGATACCGCCTATGAGATGGATGACATCTTGGATGAATGGAACTACACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796673.1
MADAMISVVVERVAAIIEDQIRNEVNLVRGVEKELLDLSDKLNTIKNVLDDAEKKGVNDQSVKTWLKKLNDTAYEMDDILDEWNYTLLDHKNKIMMLLLSKRYVAPSSHLHAFAKLDQILEEKLKFDLVISPPKTLPVPNSWRVQSTSSIEFEKVYGRREDRDNIVRKLINRDTQIVSIVGMGGLGKTTLAQLVYHDTQIKDCFELTIWICVSDPFDVAEIARGIVASVTKESIPPHTDQLELVLEKLKDCITGKKFLLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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