当前解析结果
SmilChr01G005596| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005596 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005596 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 76B1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72580274 - 72582781 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005919 |
|---|---|
| GeneID | 131005919 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005919 |
| 原始查询 | SmilChr01G005596 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 76B1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 76B1-like |
| Arabidopsis | AT3G55700 (AT3G55700)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824736] identity=48.4; qcov=0.989; evalue=3.96e-151; confidence=high |
| Rice | Os11g0444000- identity=43.3; qcov=0.97; evalue=2.65e-131; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005919 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057789023.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057789023.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789023.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789023.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789023.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72580480 |
AAC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 38 | A13,A14,A5,B109,B118,B120,B123,B126,B127,B128,B134,B140,B35,B56,B61,B65,B69,B74,B79,B80,B84,B91,B96,C13,C17,C21,C27,C28,C30,C33,C38,C56,C57,C64,C66,C70,C74,C75 |
Chr1:72580491 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,B27,C75 |
Chr1:72580568 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A11,B139 |
Chr1:72580568 |
C |
CAT |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | A11,B139 |
Chr1:72580611 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B25 |
Chr1:72580613 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B71,B98,C16,C62 |
Chr1:72580632 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A16 |
Chr1:72580672 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr1:72580679 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B103,B78,B97,C7 |
Chr1:72580707 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 42 | A1,A13,A18,A24,B1,B110,B118,B127,B137,B138,B139,B14,B31,B33,B34,B36,B51,B53,B62,B64,B67,B85,B98,C11,C15,C22,C25,C32,C42,C46,C54,C59,C60,C61,C64,C65,C68,C69,C73,C76,C86,D11 |
Chr1:72580718 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B53,B66,D2,D7 |
Chr1:72580723 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 40 | A1,A13,A18,A24,B1,B110,B118,B127,B137,B138,B139,B14,B31,B33,B34,B36,B51,B53,B62,B64,B67,B85,B98,C15,C22,C25,C32,C42,C46,C54,C59,C60,C61,C64,C65,C66,C68,C73,C76,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789023.1PF00201
UDPGT 110-417 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789023.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 110 | 417 | 1.3e-33 | 117.4 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。