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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005596

染色体: Chr01 坐标: 72580274-72582781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005596
名称SmilChr01G005596
描述UDP-glycosyltransferase 76B1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72580274 - 72582781 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005919
GeneID131005919
locus_tag-
NCBI NameLOC131005919
原始查询SmilChr01G005596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 76B1-like
产物UDP-glycosyltransferase 76B1-like
ArabidopsisAT3G55700 (AT3G55700)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824736]
identity=48.4; qcov=0.989; evalue=3.96e-151; confidence=high
RiceOs11g0444000
-
identity=43.3; qcov=0.97; evalue=2.65e-131; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005919

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789023.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057789023.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789023.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789023.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789023.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72580480 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 38 A13,A14,A5,B109,B118,B120,B123,B126,B127,B128,B134,B140,B35,B56,B61,B65,B69,B74,B79,B80,B84,B91,B96,C13,C17,C21,C27,C28,C30,C33,C38,C56,C57,C64,C66,C70,C74,C75
Chr1:72580491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B27,C75
Chr1:72580568 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 A11,B139
Chr1:72580568 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 2 A11,B139
Chr1:72580611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B25
Chr1:72580613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B71,B98,C16,C62
Chr1:72580632 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr1:72580672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:72580679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B103,B78,B97,C7
Chr1:72580707 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 42 A1,A13,A18,A24,B1,B110,B118,B127,B137,B138,B139,B14,B31,B33,B34,B36,B51,B53,B62,B64,B67,B85,B98,C11,C15,C22,C25,C32,C42,C46,C54,C59,C60,C61,C64,C65,C68,C69,C73,C76,C86,D11
Chr1:72580718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B53,B66,D2,D7
Chr1:72580723 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 40 A1,A13,A18,A24,B1,B110,B118,B127,B137,B138,B139,B14,B31,B33,B34,B36,B51,B53,B62,B64,B67,B85,B98,C15,C22,C25,C32,C42,C46,C54,C59,C60,C61,C64,C65,C66,C68,C73,C76,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789023.1
462 aa
N
1
231
462
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 110-417 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789023.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 110 417 1.3e-33 117.4 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933040.1
AACACAGCCTTGATTGAATATCAATCCATGGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCCGCCGCCGCTCCACCGCCGGAGGTGAAACGACGACGACGTATCGTGCTCTTCCCGCTGCCGTTTCAAGGCCACATCAACCCGATGATCCAGCTCGCTCACATCCTCCACTCCAAATTAGGATTCTCCATCTCCATCATCCACACCAAATACAACCTCCCAAACCCATCCAACCACCCCAGCTTCACCTTCCACCCCATCTCCGACGCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005919
ATGGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCCGCCGCCGCTCCACCGCCGGAGGTGAAACGACGACGACGTATCGTGCTCTTCCCGCTGCCGTTTCAAGGCCACATCAACCCGATGATCCAGCTCGCTCACATCCTCCACTCCAAATTAGGATTCTCCATCTCCATCATCCACACCAAATACAACCTCCCAAACCCATCCAACCACCCCAGCTTCACCTTCCACCCCATCTCCGACGCCTTATCGGAAAACGAAGAACCTCTCTTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789023.1
MAAAAAAAAAAPPPEVKRRRRIVLFPLPFQGHINPMIQLAHILHSKLGFSISIIHTKYNLPNPSNHPSFTFHPISDALSENEEPLLDPILTIKLLISSCTLPFHHCLSQLLCHHRVVCLITDAIWYFTQAAAEEFGLPRVVLRTSSVCSFSAFAAFPLLRDKGYLSNRDSKMEDEIRELPPLKVKDIPLIKTKNEEDVFEVIENMVAETKKSSCLIFNSFQELEGPDLAKLKQQFLMPIFCIGPLHKYISAASTSFLTQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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