当前解析结果
SmilChr01G005613| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005613 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005613 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G005613 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72657981 - 72659881 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006010 |
|---|---|
| GeneID | 131006010 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006010 |
| 原始查询 | SmilChr01G005613 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | E3 ubiquitin-protein ligase RLIM-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831782]; symbol=SIS; hit=AT5G02020; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | E3 ubiquitin-protein ligase RLIM-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831782]; symbol=SIS; hit=AT5G02020; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G02020 (SIS)E3 ubiquitin-protein ligase RLIM-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831782] identity=38.7; qcov=0.867; evalue=4.26e-16; confidence=low |
| Rice | Os05g0454500- identity=44.4; qcov=0.399; evalue=9.43e-09; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006010 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789145.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057789145.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057789145.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789145.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789145.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72659661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B117 |
Chr1:72659693 |
ACG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 61 | A13,A18,A3,A7,B101,B103,B105,B106,B126,B127,B13,B131,B133,B139,B15,B18,B2,B22,B23,B24,B29,B31,B33,B36,B45,B47,B5,B55,B68,B75,B76,B78,B79,B82,B85,B89,B93,B95,B97,C16,C19,C23,C30,C34,C36,C37,C42,C49,C57,C61,C7,C70,C71,C72,C73,C79,C8,C87,D10,D5,D9 |
Chr1:72659696 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 61 | A13,A18,A3,A7,B101,B103,B105,B106,B126,B127,B13,B131,B133,B139,B15,B18,B2,B22,B23,B24,B29,B31,B33,B36,B45,B47,B5,B55,B68,B75,B76,B78,B79,B82,B85,B89,B93,B95,B97,C16,C19,C23,C30,C34,C36,C37,C42,C49,C57,C61,C7,C70,C71,C72,C73,C79,C8,C87,D10,D5,D9 |
Chr1:72659708 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。