当前解析结果
SmilChr01G005617| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005617 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005617 |
| 描述 | probable aldo-keto reductase 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72673286 - 72676461 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005945 |
|---|---|
| GeneID | 131005945 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005945 |
| 原始查询 | SmilChr01G005617 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable aldo-keto reductase 2 |
| 产物 | probable aldo-keto reductase 2 |
| Arabidopsis | AT1G60730 (AT1G60730)NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842367] identity=71.9; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0338000- identity=74.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004033 (GO:0004033); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00248 (Aldo_ket_red) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005945 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057789052.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057789052.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789052.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789052.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789052.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72673468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B140,B46,C82 |
Chr1:72673657 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C40,C50 |
Chr1:72673689 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B139,C11,C69,D11 |
Chr1:72674639 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C48 |
Chr1:72675377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A22,C80 |
Chr1:72676069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B16,B80,C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789052.1PF00248
Aldo_ket_red 32-310 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789052.1 |
Pfam | PF00248 |
Aldo_ket_red | Domain | 32 | 310 | 1.1e-69 | 235.5 | Aldo/keto reductase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。