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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005621

染色体: Chr01 坐标: 72703764-72706336 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005621
名称SmilChr01G005621
描述GDSL esterase/lipase At2g40250-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72703764 - 72706336 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012732
GeneID131012732
locus_tag-
NCBI NameLOC131012732
原始查询SmilChr01G005621

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At2g40250-like
产物GDSL esterase/lipase At2g40250-like
ArabidopsisAT2G31540 (AT2G31540)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817712]
identity=41; qcov=0.964; evalue=8.69e-89; confidence=medium
RiceOs01g0832100 (OsGELP27)
-
identity=43.2; qcov=0.934; evalue=1.56e-93; confidence=medium
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016298 (lipase activity)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012732

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057796715.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796715.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796715.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796715.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796715.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72703791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B71,C19,C62
Chr1:72704045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B100,B110,B131,C85
Chr1:72704327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B71,C19,C62
Chr1:72705185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B71,C19,C62
Chr1:72705221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B71,C19,C62
Chr1:72706219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B75,B76
Chr1:72706260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B75,B76
Chr1:72706323 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 8 A11,B134,B18,B72,C3,C47,C56,D3
Chr1:72706328 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,A7,B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796715.1
364 aa
N
1
182
364
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 29-352 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796715.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 29 352 7.8e-24 85.7 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940732.1
ATGGATAAAAATAGCTATCTTCTCATACTCTTCCTCCACCTCTCCGTCACAATGCCACCGGCGGCGGCGGCGAAGCCGAGCGCCATATACGCCTTCGGCGACTCCGTCTTCGACGCCGGCAACAACAACAAACTCGCCACCATCTGCCGTGCCGACCACGCGCCTTACGGCGTGGACTTCCCCGGCGGCAGCGCGACGGGCAGGTTCAGCAACGGGAAGCTGCCCGGCGATATTCTCATCTCCGACTACAGCATCAAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012732
ATGGATAAAAATAGCTATCTTCTCATACTCTTCCTCCACCTCTCCGTCACAATGCCACCGGCGGCGGCGGCGAAGCCGAGCGCCATATACGCCTTCGGCGACTCCGTCTTCGACGCCGGCAACAACAACAAACTCGCCACCATCTGCCGTGCCGACCACGCGCCTTACGGCGTGGACTTCCCCGGCGGCAGCGCGACGGGCAGGTTCAGCAACGGGAAGCTGCCCGGCGATATTCTCATCTCCGACTACAGCATCAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796715.1
MDKNSYLLILFLHLSVTMPPAAAAKPSAIYAFGDSVFDAGNNNKLATICRADHAPYGVDFPGGSATGRFSNGKLPGDILISDYSIKELLPPYAEAAAEADELLTGATFASACSGFDDLTAAEVGVHNLGRQFKNFQKAFVRMEEKLGIEKAAAAVGNALFLVSGGANDMMDNYYALPPTTRAKYSLPAYHDKLLKNLEKFVMKLYKAGAKRLAVIGLAPLGCLPMDVTSNWPPLQNANVTNAGDFFRRECRSKHNSDAQE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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