当前解析结果
SmilChr01G005622| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005622 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005622 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At2g40250-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72708889 - 72712230 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005938 |
|---|---|
| GeneID | 131005938 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005938 |
| 原始查询 | SmilChr01G005622 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At2g40250-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At2g40250-like |
| Arabidopsis | AT1G75880 (AT1G75880)SGNH hydrolase-type esterase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843921] identity=39; qcov=0.959; evalue=1.08e-85; confidence=medium |
| Rice | Os01g0832100 (OsGELP27)- identity=43.7; qcov=0.932; evalue=4.49e-94; confidence=medium |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005938 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057789043.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789043.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789043.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789043.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789043.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72708956 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr1:72709050 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B75,B76 |
Chr1:72710266 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,B4,B86,C17,D11 |
Chr1:72710342 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B113,B75,B76,C2 |
Chr1:72710357 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B50,C30 |
Chr1:72710373 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
Chr1:72711649 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
Chr1:72711716 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B82 |
Chr1:72711716 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr1:72711717 |
CGT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B82 |
Chr1:72711717 |
CGT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr1:72711739 |
TTC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789043.1PF00657
Lipase_GDSL 31-352 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789043.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 31 | 352 | 3.5e-19 | 70.5 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。