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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005625

染色体: Chr01 坐标: 72723566-72725101 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005625
名称SmilChr01G005625
描述uncharacterized SmilChr01G005625
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72723566 - 72725101 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005968
GeneID131005968
locus_tag-
NCBI NameLOC131005968
原始查询SmilChr01G005625

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005968

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789082.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789085.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789082.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057789085.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789083.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72723812 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B13,C8
Chr1:72723812 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B13,C8
Chr1:72723887 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C85
Chr1:72723915 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B70
Chr1:72723915 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 1 B70
Chr1:72723923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B7,C33,C34,D4
Chr1:72723956 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C80
Chr1:72723975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B131,B33,B81,C49
Chr1:72723985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C80
Chr1:72723991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:72723993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr1:72724383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933102.1
GCTTAAACCCTAAAAAAGCATTTACCCTTTTTTTTTTTAATCCCAAACCCTAGCTACAACTTCAGTACTTGCATTTGCTCTCTTGCTCTTATTTTCTCTTCACTAAAATCTGCTCTCTCAACATGGATGAATTCGATCTTCCCCTACTAGAGGATTTGGTCCTTGATAATCAATTGGCAGATTTCATCTATTTCATTACTGGAGCAACACCTGATCATGTTTGCATTAAGGTGATGAAAGCCATTCCAGATTTCCAAAAG...
XM_057933100.1
TTTTTTAATCCCAAACCCTAGCTACAACTTCAGTACTTGCATTTGCTCTCTTGCTCTTATTTTCTCTTCACTAAAATCTGCTCTCTCAACATGGATGAATTCGATCTTCCCCTACTAGAGGATTTGGTCCTTGATAATCAATTGGCAGATTTCATCTATTTCATTACTGGAGCAACACCTGATCATGTTTGCATTAAGGTGATGAAAGCCATTCCAGATTTCCAAAAGGGCGATGCTGCCAAATTCATCATCGCCGCTGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005968
ATGGATGAATTCGATCTTCCCCTACTAGAGGATTTGGTCCTTGATAATCAATTGGCAGATTTCATCTATTTCATTACTGGAGCAACACCTGATCATGTTTGCATTAAGGTGATGAAAGCCATTCCAGATTTCCAAAAGGGCGATGCTGCCAAATTCATCATCGCCGCTGTAATTTCTGCTGCAAAACAAAGGAATCAGCTGGAGAAATTTCTCGCACTGCCTGGAATGGAAAACGTTGCTGGAATCTTAGGCAAACACTT...
LOC131005968
ATGGATGAATTCGATCTTCCCCTACTAGAGGATTTGGTCCTTGATAATCAATTGGCAGATTTCATCTATTTCATTACTGGAGCAACACCTGATCATGTTTGCATTAAGGTGATGAAAGCCATTCCAGATTTCCAAAAGGGCGATGCTGCCAAATTCATCATCGCCGCTGTAATTTCTGCTGCAAAACAAAGGAATCAGCTGGAGAAATTTCTCGCACTGCCTGGAATGGAAAACGTTGCTGGAATCTTAGGCAAACACTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057789082.1
MDEFDLPLLEDLVLDNQLADFIYFITGATPDHVCIKVMKAIPDFQKGDAAKFIIAAVISAAKQRNQLEKFLALPGMENVAGILGKHFSFKGGVNFTEMNLLGHMFLACGLKSVGAIAAVRQKFNAIHIWDADLSKASLTPKDLELVESNVNVLQFEFAHVVKIGLPTLLALVQNDKKLGPLEPAPTAVDNGGSSTVLKSEPVEKMKFWFGGSDGSSGSYQIYSASYDQRLVSLEEQLQQSRDELQREREERRHAEERMKA...
XP_057789083.1
MDEFDLPLLEDLVLDNQLADFIYFITGATPDHVCIKVMKAIPDFQKGDAAKFIIAAVISAAKQRNQLEKFLALPGMENVAGILGKHFSFKGGVNFTEMNLLGHMFLACGLKSVGAIAAVRQKFNAIHIWDADLSKASLTPKDLELVESNVNVLQFEFAHVVKIGLPTLLALVQNDKKLGPLEPAPTAVDNGGSSTVLKSEPVEMKFWFGGSDGSSGSYQIYSASYDQRLVSLEEQLQQSRDELQREREERRHAEERMKAH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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