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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005629

染色体: Chr01 坐标: 72741920-72744555 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005629
名称SmilChr01G005629
描述CASP-like protein 5B2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72741920 - 72744555 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006014
GeneID131006014
locus_tag-
NCBI NameLOC131006014
原始查询SmilChr01G005629

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CASP-like protein 5B2
产物CASP-like protein 5B2
ArabidopsisAT3G53850 (AT3G53850)
Uncharacterized protein family (UPF0497) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824552]
identity=68; qcov=0.794; evalue=4.89e-43; confidence=medium
RiceOs09g0249400
-
identity=67.8; qcov=0.714; evalue=3.06e-40; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF04535 (CASP_dom)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789147.1
2 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057789148.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057789148.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057789148.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789147.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72743337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:72743369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B132
Chr1:72743405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B6,C53,C59,D8
Chr1:72744066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B132,C38,C52
Chr1:72744068 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B45,C37,C71
Chr1:72744203 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C8
Chr1:72744236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B133,B7,C34
Chr1:72744254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789147.1
154 aa
N
1
77
154
CASP_dom
C
PF04535 CASP_dom 7-139 aa
XP_057789148.1
126 aa
N
1
63
126
CASP_dom
C
PF04535 CASP_dom 7-91 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789147.1 Pfam PF04535 CASP_dom Domain 7 139 1.2e-28 100.5 Casparian strip membrane protein domain
XP_057789148.1 Pfam PF04535 CASP_dom Domain 7 91 1.6e-17 64.4 Casparian strip membrane protein domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933164.1
GCCTGTTTCCTGAATATGATCAACTTCTGTTCAGAAAGTCCAAATCTTTAAAAAAATGGTAATAATAATTCTTGAATTCAAGACATCTGGTTCAGAAATCTGATTCAGATAAAAGAAAACCTGCTCCACGCTCCACCCTTGTCACTCTCTATGTCATCCACTAAAGTAAAAGAATAGTATAAAAAAAGTTTATACTATTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTGAGAGGTAATGGGCACAATTCCACAGTCATTTAAAGGAGA...
XM_057933165.1
TCTCTATGTCATCCACTAAAGTAAAAGAATAGTATAAAAAAAGTTTATACTATTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTTGAGAGGTAATGGGCACAATTCCACAGTCATTTAAAGGAGAATTGTTTATTGCTTTTCCTCTGTTCGCAGCAGAAATAAAGAGAATTTAGTCAGTGATTAATGTGAATATTTCTGACAACGAGGAATCTACTGTCTTGTGTAAACAGCCCATCTCATAAAAATTCAATCTTTACCAGAACTACAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131006014
ATGAAGGAGCTGTTTGGAAGCCCAGGGAGAAAAAGTGGGCTGATGTTAAGGGTTGGACAGTGTGTGTTTGCAGCTGCTTCAATTGGGGTTATGGCCTCTGCTACTGCCTTCTCTACTATTACTGCATTTTGTTACTTAATTGCATCAATGGGGCTTCAGGTTTTGTGGAGCTTCGGACTTGCCTGCCTCGACGTGCATGCTTTAAGGTCGAACAAGGATCTCTACAACCACATTCTCGTCAGCCTGTTTGTCGTTGGTGA...
LOC131006014
ATGAAGGAGCTGTTTGGAAGCCCAGGGAGAAAAAGTGGGCTGATGTTAAGGGTTGGACAGTGTGTGTTTGCAGCTGCTTCAATTGGGGTTATGGCCTCTGCTACTGCCTTCTCTACTATTACTGCATTTTGTTACTTAATTGCATCAATGGGGCTTCAGGTTTTGTGGAGCTTCGGACTTGCCTGCCTCGACGTGCATGCTTTAAGGTCGAACAAGGATCTCTACAACCACATTCTCGTCAGCCTGTTTGTCGTTGGTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789147.1
MKELFGSPGRKSGLMLRVGQCVFAAASIGVMASATAFSTITAFCYLIASMGLQVLWSFGLACLDVHALRSNKDLYNHILVSLFVVGDWVTATLSLAAACSSAGVIVLFTRDTSICRVETKFSCGMFQISIAFAFASWFLVSISSCIMFWLVASM
XP_057789148.1
MKELFGSPGRKSGLMLRVGQCVFAAASIGVMASATAFSTITAFCYLIASMGLQVLWSFGLACLDVHALRSNKDLYNHILVSLFVVGDWASVHIKGDSSCEIIRRISSSIKILRRVGNFLNKLPKQT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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