当前解析结果
SmilChr01G005629| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005629 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005629 |
| 描述 | CASP-like protein 5B2 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72741920 - 72744555 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006014 |
|---|---|
| GeneID | 131006014 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006014 |
| 原始查询 | SmilChr01G005629 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | CASP-like protein 5B2 |
| 产物 | CASP-like protein 5B2 |
| Arabidopsis | AT3G53850 (AT3G53850)Uncharacterized protein family (UPF0497) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824552] identity=68; qcov=0.794; evalue=4.89e-43; confidence=medium |
| Rice | Os09g0249400- identity=67.8; qcov=0.714; evalue=3.06e-40; confidence=medium |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04535 (CASP_dom) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006014 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057789147.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057789148.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057789148.1 |
| 4 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057789148.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789147.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72743337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr1:72743369 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B132 |
Chr1:72743405 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B122,B6,C53,C59,D8 |
Chr1:72744066 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B132,C38,C52 |
Chr1:72744068 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B45,C37,C71 |
Chr1:72744203 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C8 |
Chr1:72744236 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B133,B7,C34 |
Chr1:72744254 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789147.1PF04535
CASP_dom 7-139 aa
XP_057789148.1PF04535
CASP_dom 7-91 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789147.1 |
Pfam | PF04535 |
CASP_dom | Domain | 7 | 139 | 1.2e-28 | 100.5 | Casparian strip membrane protein domain |
XP_057789148.1 |
Pfam | PF04535 |
CASP_dom | Domain | 7 | 91 | 1.6e-17 | 64.4 | Casparian strip membrane protein domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。