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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005635`

染色体: Chr01 坐标: 72787830-72791416 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005635`
名称	SmilChr01G005635
描述	ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 2, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72787830 - 72791416 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005916`
GeneID	`131005916`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005916`
原始查询	`SmilChr01G005635`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 2, chloroplastic
产物	ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 2%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G39730` (RCA) rubisco activase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818558] identity=79.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os11g0707000` (OsRcaII) - identity=78.5; qcov=0.936; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0009579 (thylakoid); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0046863 (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activator activity)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA); PF21228 (RuBisCO_activase_AAA_helical)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057789020.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057789020.1`
3	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.20000	`XP_057789020.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789020.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789020.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72788010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C23
`Chr1:72788365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A25,D1
`Chr1:72788386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B120,C14,C21
`Chr1:72788416`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,C11,C69,C7,C71
`Chr1:72788429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr1:72788441`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	71	A11,A13,A16,A18,A24,A5,B1,B10,B100,B101,B109,B117,B118,B12,B120,B123,B124,B13,B134,B136,B14,B16,B18,B19,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B48,B55,B59,B6,B65,B69,B7,B70,B72,B79,B83,C14,C18,C19,C20,C21,C27,C28,C3,C30,C33,C38,C46,C47,C48,C5,C53,C54,C61,C64,C66,C70,C8,C82,C85,C86,D3,D4,D6,D8,D9
`Chr1:72788526`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr1:72788529`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr1:72788550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B37,B48,C48
`Chr1:72788559`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B63
`Chr1:72788628`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr1:72788795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789020.1

471 aa

236

471

AAA

RuBisCO_activase_AAA_helical

PF00004 AAA 160-303 aa PF21228 RuBisCO_activase_AAA_helical 306-401 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789020.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	160	303	1.9e-17	64.7	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
`XP_057789020.1`	Pfam	`PF21228`	RuBisCO_activase_AAA_helical	Domain	306	401	3.8e-40	136.8	Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase, AAA, helical

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933037.1
CCAAATTTGTGTGCACTCTTCAAACTCCAATATTTCTACTATATATATAACTCCAATAATCTCCCCACCCTCACACTTAGCTACCACCAAAAATTATCAGATATCCAATAAAATCACACTCACTTCGAGCTCTAATCGGCGATCAATGGCGGCCGCCGTCTCCACCGTCGGTGCTGTCAACCGCGCACCGGTGAAGTTGAATGGCGGCAGTGCAGCCCCAAGCACGGCCTTCTTCGGGGGCGCCCTGAAGAAGGCGAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005916
ATGGCGGCCGCCGTCTCCACCGTCGGTGCTGTCAACCGCGCACCGGTGAAGTTGAATGGCGGCAGTGCAGCCCCAAGCACGGCCTTCTTCGGGGGCGCCCTGAAGAAGGCGAACCCCTCACACGCCCCGAAGGCTTCGTCGAGGAAGCTGAGGGTGGTGGCTCAGGATGTCGATGAGAAGAAACAGACCTCCGGAGACAGGTGGAAGGGCCTCGTCGAGGACGTCTCCGACGACCAACAGGACATCACTAGAGGGAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789020.1
MAAAVSTVGAVNRAPVKLNGGSAAPSTAFFGGALKKANPSHAPKASSRKLRVVAQDVDEKKQTSGDRWKGLVEDVSDDQQDITRGKGLVDSLFQAPTGMGTHDAVLSSYEYISQGLREYNLDNKLDGFYIAPAFMDKLVVHITKNFMTLPNIKIPLILGIWGGKGQGKSFQCELVFRKMGINPIMMSAGELESGNAGEPAKLIRQRYREAADIIKKGKMCCLFINDLDAGAGRMGGTTQYTVNNQMVNATLMNIADNPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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