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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005647

染色体: Chr01 坐标: 72869032-72872931 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005647
名称SmilChr01G005647
描述uncharacterized SmilChr01G005647
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72869032 - 72872931 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005871
GeneID131005871
locus_tag-
NCBI NameLOC131005871
原始查询SmilChr01G005647

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hAT transposon superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827161]; symbol=AT4G15020; hit=AT4G15020; species=arabidopsis; confidence=medium
产物hAT transposon superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827161]; symbol=AT4G15020; hit=AT4G15020; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G15020 (AT4G15020)
hAT transposon superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827161]
identity=45; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
RiceOs03g0822900
-
identity=41.8; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF02892 (zf-BED); PF04937 (DUF659); PF05699 (Dimer_Tnp_hAT); PF26664 (zf-BED_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005871

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788958.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788958.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788958.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788958.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057788958.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72869595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B10,C57
Chr1:72869623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C79,C83
Chr1:72869634 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B10,C49
Chr1:72869634 T TC 1bp_insertion CDS_variant 2 B10,C49
Chr1:72869638 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B10,C49,C64
Chr1:72869638 T TCC 2bp_insertion CDS_variant 3 B10,C49,C64
Chr1:72869639 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 3 B10,C49,C64
Chr1:72869639 GT G 1bp_deletion CDS_variant 3 B10,C49,C64
Chr1:72869646 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 2 C49,C64
Chr1:72869646 T TCC 2bp_insertion CDS_variant 2 C49,C64
Chr1:72869668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,D2
Chr1:72869691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788958.1
760 aa
N
1
380
760
zf-BED
zf-BED_2
DUF659
Dimer_Tnp_hAT
C
PF02892 zf-BED 16-54 aa PF26664 zf-BED_2 28-77 aa PF04937 DUF659 222-373 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 593-660 aa
XP_057788959.1
760 aa
N
1
380
760
zf-BED
zf-BED_2
DUF659
Dimer_Tnp_hAT
C
PF02892 zf-BED 16-54 aa PF26664 zf-BED_2 28-77 aa PF04937 DUF659 222-373 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 593-660 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788958.1 Pfam PF02892 zf-BED Domain 16 54 0.00024 21.8 BED zinc finger
XP_057788958.1 Pfam PF26664 zf-BED_2 Domain 28 77 5.4e-22 78.0 BED-like zinc finger
XP_057788958.1 Pfam PF04937 DUF659 Domain 222 373 1.2e-55 188.0 Domain of unknown function (DUF659)
XP_057788958.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 593 660 5e-05 23.7 hAT family C-terminal dimerisation region
XP_057788959.1 Pfam PF02892 zf-BED Domain 16 54 0.00024 21.8 BED zinc finger
XP_057788959.1 Pfam PF26664 zf-BED_2 Domain 28 77 5.4e-22 78.0 BED-like zinc finger
XP_057788959.1 Pfam PF04937 DUF659 Domain 222 373 1.2e-55 188.0 Domain of unknown function (DUF659)
XP_057788959.1 Pfam PF05699 Dimer_Tnp_hAT Domain 593 660 5e-05 23.7 hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932976.1
GTGGCTCAATGATCGCTGCCCCCGACCGGCTCTTTACGCATTTATACGAAACAACTGAAAAAACCTAATCCCTCTAACTCGGTTCTCTCCTAAATCAAAATCTCGAATCGATTCAACAAAAAAGGAGTATTTTTTCTTATCGAATTCAAGATATGGCTTCAACTATGGAGCCAGTAGCTGTAAATTCGCAGAAGCATGACCCGGCATGGAAGCATTGCCAAATGTTTAAGGTTGGGGATAAGGTTCAGCTCAAGTGTATA...
XM_057932975.1
ACTCGGTTCTCTCCTAAATCAAAATCTCGAATCGATTCAACAAAAAAGGAGTATTTTTTCTTATCGAATTCAAGTAAGTCACAGCAAACCCATATTCCTCCCCTTTCTAATTCGTGTAATTTTCATGATTGTACTGTCCTAAACCTGTTATGACAACATCTGCATGTTTCAGAGCTCGATTCGTTTGTTGAATTCAACAATGTGTGTAATTGGGGAATTCTTATGAAAAACTAGCGAAATTTGCTCGAACCCATCTCCCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005871
ATGGCTTCAACTATGGAGCCAGTAGCTGTAAATTCGCAGAAGCATGACCCGGCATGGAAGCATTGCCAAATGTTTAAGGTTGGGGATAAGGTTCAGCTCAAGTGTATATACTGTGGGAAGATTTTTAAGGGCGGTGGGATTCATAGGATTAAGGAACACCTCGCTGGCCAAAAGGGGAATGCTGCCACTTGTTTGAGGGTTCAGCCCGATGTACGGATGCAAATGCTCGATAGCCTGAATGGGGTTGCTGCGAGAAAGAG...
LOC131005871
ATGGCTTCAACTATGGAGCCAGTAGCTGTAAATTCGCAGAAGCATGACCCGGCATGGAAGCATTGCCAAATGTTTAAGGTTGGGGATAAGGTTCAGCTCAAGTGTATATACTGTGGGAAGATTTTTAAGGGCGGTGGGATTCATAGGATTAAGGAACACCTCGCTGGCCAAAAGGGGAATGCTGCCACTTGTTTGAGGGTTCAGCCCGATGTACGGATGCAAATGCTCGATAGCCTGAATGGGGTTGCTGCGAGAAAGAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788958.1
MASTMEPVAVNSQKHDPAWKHCQMFKVGDKVQLKCIYCGKIFKGGGIHRIKEHLAGQKGNAATCLRVQPDVRMQMLDSLNGVAARKRKKQKLAEEMSGFGNPGNSGVEVVNGLNSDIVLLPVPEMIEHDGDVDGDREDGMSGKSGVRKKKGRVRKAPDVVNSNNAALVGFTAGNSKRANTVISMAVGRFFFDVGIPADAANSPYFQPMIDAIASQGAEAVGPSYHDLRNSVLKNVIHEVRYDVDQCSAAWGRTGCSILVD...
XP_057788959.1
MASTMEPVAVNSQKHDPAWKHCQMFKVGDKVQLKCIYCGKIFKGGGIHRIKEHLAGQKGNAATCLRVQPDVRMQMLDSLNGVAARKRKKQKLAEEMSGFGNPGNSGVEVVNGLNSDIVLLPVPEMIEHDGDVDGDREDGMSGKSGVRKKKGRVRKAPDVVNSNNAALVGFTAGNSKRANTVISMAVGRFFFDVGIPADAANSPYFQPMIDAIASQGAEAVGPSYHDLRNSVLKNVIHEVRYDVDQCSAAWGRTGCSILVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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