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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005666

染色体: Chr01 坐标: 72965532-72967767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005666
名称SmilChr01G005666
描述protein LEAD-SENSITIVE 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72965532 - 72967767 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005977
GeneID131005977
locus_tag-
NCBI NameLOC131005977
原始查询SmilChr01G005666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LEAD-SENSITIVE 1-like
产物protein LEAD-SENSITIVE 1-like
ArabidopsisAT4G00905 (AT4G00905)
NC domain-containing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827986]
identity=50.9; qcov=1.02; evalue=5.58e-91; confidence=high
RiceOs09g0526800 (OJ1439_F07.19-1)
-
identity=51.7; qcov=1.01; evalue=6.09e-96; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04970 (LRAT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005977

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057789101.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057789101.1
3 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057789101.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789101.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789101.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72965766 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A15,A3,B117,B139,B40,C49
Chr1:72965767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:72967023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B83,D10
Chr1:72967029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B4
Chr1:72967060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B136,B44,B62
Chr1:72967084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr1:72967096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B83
Chr1:72967179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C69
Chr1:72967215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:72967309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,B76
Chr1:72967479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B7
Chr1:72967552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789101.1
265 aa
N
1
132
265
LRAT
C
PF04970 LRAT 13-164 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789101.1 Pfam PF04970 LRAT Domain 13 164 5.9e-29 101.5 Lecithin retinol acyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933118.1
TTTTTATTTGCCATGGAAAAAGGGCAAAAAGCTTCGTTTTTTGCGTAAATTTTGCCTTGCGAAAAGCGTTTTTTGTCCATTTACATCTTGGAATTAAATTTCGAGTGTATACATATATGTATCTAATCGGAAACTGAAGCGAAGGAGAAAATGACGAATCTAATTTTGTTAATGGGGAAAAAAATTTAGAGAGAGAGGGAGGGAGAGATGGGATTTCTGTCACACAGAGTGAAACGAAGCGATTTAGAAGCAGGAGACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005977
ATGGGATTTCTGTCACACAGAGTGAAACGAAGCGATTTAGAAGCAGGAGACCATATCTACACTTGGAGGACTCCCATTTTCGCATACTCTCACCATGGTATCTATATTGGTGGTGACAAAGTGGTGCACTTCACTCAACATCAGAATTTGAGTTCTGGTGACTCTACTTCCTTTCGCTTCTCATCATCGGTCACAGATGTCACAGCCGACTGTTTAGATTTTCCAGATTGCGGCTTCAGAAAGCATACAAGTGGAGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789101.1
MGFLSHRVKRSDLEAGDHIYTWRTPIFAYSHHGIYIGGDKVVHFTQHQNLSSGDSTSFRFSSSVTDVTADCLDFPDCGFRKHTSGVVMSCLNCFLGDGSLYRFEYGVSPVVLITRLRSGTCTTAKSDPPEEVIHRAMHLLQHGFGKYDVFSNNCEDFALYCKTELVVCPRRGSGGSGQVSSVVGVPVATILSLPLKMFVSNPVVLGATAVVNYNLNRYASDVGVRDDVVKVEVEGVAAFHGNLTAGVDGGADVAGDRPKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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