当前解析结果
SmilChr01G005666| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005666 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005666 |
| 描述 | protein LEAD-SENSITIVE 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72965532 - 72967767 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005977 |
|---|---|
| GeneID | 131005977 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005977 |
| 原始查询 | SmilChr01G005666 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein LEAD-SENSITIVE 1-like |
| 产物 | protein LEAD-SENSITIVE 1-like |
| Arabidopsis | AT4G00905 (AT4G00905)NC domain-containing protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827986] identity=50.9; qcov=1.02; evalue=5.58e-91; confidence=high |
| Rice | Os09g0526800 (OJ1439_F07.19-1)- identity=51.7; qcov=1.01; evalue=6.09e-96; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04970 (LRAT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005977 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057789101.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057789101.1 |
| 3 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.20000 | XP_057789101.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789101.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789101.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72965766 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | A15,A3,B117,B139,B40,C49 |
Chr1:72965767 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B36 |
Chr1:72967023 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A20,B83,D10 |
Chr1:72967029 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B4 |
Chr1:72967060 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B110,B136,B44,B62 |
Chr1:72967084 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr1:72967096 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B83 |
Chr1:72967179 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B36,C69 |
Chr1:72967215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr1:72967309 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,B76 |
Chr1:72967479 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,B7 |
Chr1:72967552 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789101.1PF04970
LRAT 13-164 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789101.1 |
Pfam | PF04970 |
LRAT | Domain | 13 | 164 | 5.9e-29 | 101.5 | Lecithin retinol acyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。