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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005701

染色体: Chr01 坐标: 73257396-73260569 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005701
名称SmilChr01G005701
描述elicitor-responsive protein 1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73257396 - 73260569 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006013
GeneID131006013
locus_tag-
NCBI NameLOC131006013
原始查询SmilChr01G005701

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述elicitor-responsive protein 1
产物elicitor-responsive protein 1
ArabidopsisAT3G55470 (AT3G55470)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824713]
identity=45.7; qcov=0.87; evalue=4.84e-42; confidence=medium
RiceOs01g0841700 (Rpp17)
-
identity=48.6; qcov=0.894; evalue=7.68e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006013

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057789146.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789146.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057789146.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057789146.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789146.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73257737 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr1:73258683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C10,C54
Chr1:73258741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr1:73259411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,B64,C71,C82
Chr1:73260417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789146.1
161 aa
N
1
80
161
C2
C
PF00168 C2 5-105 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789146.1 Pfam PF00168 C2 Domain 5 105 9.2e-18 65.1 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933163.1
ATATTCACTTTCAAATAATATACTGTTATCATACAATTTCATTTCATAACCAGAACAAAGATCATCTTCTATTATTTTTATCATAAATAAATTAATTAACATCCTTTTTCATTCTTACCCTTTTTTTCAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAGAGGGTATAATGGAGGTGAAACTGATAGGAGCAAAGGGCCTTAAACGTTCAAATTTCTTCGGTAAGATCGACCCATATGTTGTGATTCAATATAGAAATGAAGAGTACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006013
ATGGGAGAGGGTATAATGGAGGTGAAACTGATAGGAGCAAAGGGCCTTAAACGTTCAAATTTCTTCGGTAAGATCGACCCATATGTTGTGATTCAATATAGAAATGAAGAGTACACGAGCACTACTGCTAAAGGGCAAGGTAGGAGACTGGTGTGGAATGAAGAGTTCAAATTTAAAGTGGAATTCCCAGCTTTGGATGGATCAGATGATTACCAAAATAATTACAAACTATTTCTTCGTATTTTCAACCGTGACACCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789146.1
MGEGIMEVKLIGAKGLKRSNFFGKIDPYVVIQYRNEEYTSTTAKGQGRRLVWNEEFKFKVEFPALDGSDDYQNNYKLFLRIFNRDTCRKDDFLGHSTIHVKDLIEIGLEKGKADLGTQKFRVILNDLSYHGEIQVAITFTAKGETDQPKYFVEKENIFVVF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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