当前解析结果
SmilChr01G005701| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005701 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005701 |
| 描述 | elicitor-responsive protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 73257396 - 73260569 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006013 |
|---|---|
| GeneID | 131006013 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006013 |
| 原始查询 | SmilChr01G005701 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | elicitor-responsive protein 1 |
| 产物 | elicitor-responsive protein 1 |
| Arabidopsis | AT3G55470 (AT3G55470)Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824713] identity=45.7; qcov=0.87; evalue=4.84e-42; confidence=medium |
| Rice | Os01g0841700 (Rpp17)- identity=48.6; qcov=0.894; evalue=7.68e-47; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006013 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.60000 | XP_057789146.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057789146.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057789146.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057789146.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789146.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:73257737 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr1:73258683 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B38,B39,C10,C54 |
Chr1:73258741 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr1:73259411 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B140,B64,C71,C82 |
Chr1:73260417 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789146.1PF00168
C2 5-105 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789146.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 5 | 105 | 9.2e-18 | 65.1 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。