Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005706`

染色体: Chr01 坐标: 73292357-73299300 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005706`
名称	SmilChr01G005706
描述	major pollen allergen Ole e 10-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	73292357 - 73299300 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012880`
GeneID	`131012880`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012880`
原始查询	`SmilChr01G005706`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	major pollen allergen Ole e 10-like
产物	major pollen allergen Ole e 10-like
Arabidopsis	`AT3G55430` (AT3G55430) O-Glycosyl hydrolases family 17 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824709] identity=59.1; qcov=0.732; evalue=5.25e-33; confidence=medium
Rice	`Os11g0704600` - identity=58.9; qcov=0.709; evalue=1.67e-34; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07983 (X8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012880

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057796853.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796853.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796853.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796853.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796853.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:73292383`	`G`	`GT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	4	B129,B132,B37,B45
`Chr1:73292383`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B129,B132,B37,B45
`Chr1:73292385`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B129,B132,B37,B45
`Chr1:73292385`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B129,B132,B37,B45
`Chr1:73292397`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A5,B105,B133,B29,C34
`Chr1:73292397`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A5,B105,B133,B29,C34
`Chr1:73297532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B52,B91,C35
`Chr1:73297541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr1:73297547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B137,B139,B43,B48
`Chr1:73297624`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr1:73297634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr1:73297676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B85,B95,C84,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796853.1

127 aa

127

PF07983 X8 41-111 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796853.1`	Pfam	`PF07983`	X8	Domain	41	111	1.5e-22	80.7	X8 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940870.1
ATGGGGGCCTCAAAAAATGGGGGCTCGAGCCCAGCAACGAGCCCCCCATTGCTATGCTCTAAGTGGTACTTAAATGTGCAGCCAGCTCCAAAAACGTCGCCGTCGACCCAAGGCGGGAAGAAGTGGTGCGTGCCGAGGCCGGAGGCGACCGACGCCCAGTTGCAGGCGGACATAGACTATGTGTGCAGCCAAGGTGTGGACTGCAGCCCTATTCAGGCAGGCGGCGCTTGCTTCAACCCGAACAACGTGAGGGCTCACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012880
ATGGGGGCCTCAAAAAATGGGGGCTCGAGCCCAGCAACGAGCCCCCCATTGCTATGCTCTAAGTGGTACTTAAATGTGCAGCCAGCTCCAAAAACGTCGCCGTCGACCCAAGGCGGGAAGAAGTGGTGCGTGCCGAGGCCGGAGGCGACCGACGCCCAGTTGCAGGCGGACATAGACTATGTGTGCAGCCAAGGTGTGGACTGCAGCCCTATTCAGGCAGGCGGCGCTTGCTTCAACCCGAACAACGTGAGGGCTCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796853.1
MGASKNGGSSPATSPPLLCSKWYLNVQPAPKTSPSTQGGKKWCVPRPEATDAQLQADIDYVCSQGVDCSPIQAGGACFNPNNVRAHAAFVMNSFYQKEGRHDFNCVFSDSAVITTTDPSNGPCKYIA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器