Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005709`

染色体: Chr01 坐标: 73322712-73323531 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005709`
名称	SmilChr01G005709
描述	zinc finger protein ZAT12-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	73322712 - 73323531 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006008`
GeneID	`131006008`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006008`
原始查询	`SmilChr01G005709`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger protein ZAT12-like
产物	zinc finger protein ZAT12-like
Arabidopsis	`AT2G28710` (AT2G28710) C2H2-type zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817420] identity=50.3; qcov=0.963; evalue=4.68e-41; confidence=medium
Rice	`Os03g0279700` - identity=62.5; qcov=0.638; evalue=5.43e-37; confidence=medium
GO	GO:0010200 (response to chitin)
KEGG	-
Pfam	PF13912 (zf-C2H2_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006008

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789143.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789143.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789143.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789143.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057789143.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:73322866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B136,B55,C14,C23,C84
`Chr1:73322885`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:73322927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,C48,C86
`Chr1:73322947`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,C8
`Chr1:73322958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B93
`Chr1:73322971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B25,B71
`Chr1:73322992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr1:73322998`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,B92,C8
`Chr1:73323001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B16
`Chr1:73323028`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B101
`Chr1:73323028`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B101
`Chr1:73323060`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C80,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789143.1

163 aa

163

zf-C2H2_6

PF13912 zf-C2H2_6 43-68 aa PF13912 zf-C2H2_6 87-111 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789143.1`	Pfam	`PF13912`	zf-C2H2_6	Domain	43	68	2.9e-24	85.2	C2H2-type zinc finger
`XP_057789143.1`	Pfam	`PF13912`	zf-C2H2_6	Domain	87	111	2.9e-24	85.2	C2H2-type zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933160.1
TCAAAATAATTTCATCATATTATTCATTCAACTCTCATTCTCAACATTACTCTCGAATCCAAAATCCTCTCCCAAGTCCCATCATTTAATTAATTAATTTTTCCACAAGTTATAATTATTATCGTGGAATTATGATGAAGAGGAGTCGAGACGGCGAGGCCGACGACATCTCCGTCATGGCCAACTGCTTGATGCTTTTATCCACTGCCGTCGCTGGCACTGGTGCCAGCGACGGCAGAGGAGATTCGTCGCGAATCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006008
ATGATGAAGAGGAGTCGAGACGGCGAGGCCGACGACATCTCCGTCATGGCCAACTGCTTGATGCTTTTATCCACTGCCGTCGCTGGCACTGGTGCCAGCGACGGCAGAGGAGATTCGTCGCGAATCTTCACATGCAAGACGTGCAACAGGCAGTTCCCGTCGTTCCAAGCGCTCGGGGGCCACCGCGCCAGCCACAAGAAGCCGCGACTGGGCGGCGGCGGAGAGCCGCCGTCGCCGTCGCCGCCGAAGCCGAAGACCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789143.1
MMKRSRDGEADDISVMANCLMLLSTAVAGTGASDGRGDSSRIFTCKTCNRQFPSFQALGGHRASHKKPRLGGGGEPPSPSPPKPKTHECSICGQEFPLGQALGGHMRRHRTAMVDQSHRAPPPSPPLSLFPVVKKPNNRRVFSLDLNLTPLENQYFFIASSYV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器