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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005713

染色体: Chr01 坐标: 73341651-73345560 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005713
名称SmilChr01G005713
描述geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73341651 - 73345560 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005940
GeneID131005940
locus_tag-
NCBI NameLOC131005940
原始查询SmilChr01G005713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
产物geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ArabidopsisAT2G39550 (PGGT-I)
Prenyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818540]
identity=66.6; qcov=0.975; evalue=8.04e-164; confidence=high
RiceOs01g0150100
-
identity=54.4; qcov=0.413; evalue=3.6e-52; confidence=low
GOGO:0004662 (CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity); GO:0005953 (CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex); GO:0018344 (protein geranylgeranylation)
KEGG-
PfamPF00432 (Prenyltrans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789046.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057789047.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789046.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789046.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789046.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73341904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,C19
Chr1:73341912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B48,B93
Chr1:73341927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B1,B66,C54
Chr1:73341962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B1,B66,C54
Chr1:73342440 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:73342457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:73342841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr1:73342880 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 78 A1,A14,A19,A20,A22,A24,A25,A7,A9,B10,B100,B103,B106,B107,B112,B119,B124,B126,B140,B17,B19,B31,B32,B33,B34,B46,B48,B51,B54,B61,B62,B63,B64,B67,B73,B74,B76,B78,B8,B80,B82,B84,B88,B95,B97,B99,C10,C12,C21,C22,C29,C3,C32,C34,C35,C38,C39,C43,C45,C47,C48,C51,C52,C6,C60,C61,C68,C70,C74,C75,C79,C82,C85,C87,D1,D5,D8,D9
Chr1:73342881 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 78 A1,A14,A19,A20,A22,A24,A25,A7,A9,B10,B100,B103,B106,B107,B112,B119,B124,B126,B140,B17,B19,B31,B32,B33,B34,B46,B48,B51,B54,B61,B62,B63,B64,B67,B73,B74,B76,B78,B8,B80,B82,B84,B88,B95,B97,B99,C10,C12,C21,C22,C29,C3,C32,C34,C35,C38,C39,C43,C45,C47,C48,C51,C52,C6,C60,C61,C68,C70,C74,C75,C79,C82,C85,C87,D1,D5,D8,D9
Chr1:73342900 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 12 A20,B124,B134,B22,B48,B65,C12,C40,C71,C76,C79,D10
Chr1:73343179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr1:73343305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B140,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789046.1
357 aa
N
1
178
357
Prenyltrans
C
PF00432 Prenyltrans 16-346 aa
XP_057789047.1
356 aa
N
1
178
356
Prenyltrans
C
PF00432 Prenyltrans 16-345 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789046.1 Pfam PF00432 Prenyltrans Repeat 16 346 2e-98 330.3 Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain
XP_057789047.1 Pfam PF00432 Prenyltrans Repeat 16 345 4.8e-96 322.5 Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933063.1
GGACTGTATTCCTCAAATCAGTACTTTACTTTTTTCTTTCTCCATAGATTCTTTGAGAGATTCTTCGCAGAATGTAAATATTCTCAACAATAAACTTATATTCTTCGCTCAAAATTCACACTCCAACTCTTCCGAATTTGTTTCTTTAGCTCTTCCGAATTCCGAATTCTCATAAAACTTGCAGATTTGCGGCGGAAACATCGAGAATTCAACTATGGAGGATCCAGAATTCTGGGATTCCGATTCAGAATCGTTGATCT...
XM_057933064.1
TATATTCTTCGCTCAAAATTCACACTCCAACTCTTCCGAATTTGTTTCTTTAGCTCTTCCGAATTCCGAATTCTCATAAAACTTGCAGATTTGCGGCGGAAACATCGAGAATTCAACTATGGAGGATCCAGAATTCTGGGATTCCGATTCAGAATCGTTGATCTTCGAGAAGGATCGGCATATACTCTATTTGGAGATGATGTATCAGCTGCTGCCTGCGCCCTATCAAGGGCAAGAGATCAACCGCCTCACACTCGCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005940
ATGGAGGATCCAGAATTCTGGGATTCCGATTCAGAATCGTTGATCTTCGAGAAGGATCGGCATATACTCTATTTGGAGATGATGTATCAGCTGCTGCCTGCGCCCTATCAAGGGCAAGAGATCAACCGCCTCACACTCGCCTACTTCATCATCTCCGGCCTCGACATCTTCGGCGCTCTCGATCGGATTGACAAAGATGCAGTAGTTAATTGGGTTTTATCGCTTCAAGCTCATCCAAAGAATGACAAAACATTTGAAAA...
LOC131005940
ATGGAGGATCCAGAATTCTGGGATTCCGATTCAGAATCGTTGATCTTCGAGAAGGATCGGCATATACTCTATTTGGAGATGATGTATCAGCTGCTGCCTGCGCCCTATCAAGGGCAAGAGATCAACCGCCTCACACTCGCCTACTTCATCATCTCCGGCCTCGACATCTTCGGCGCTCTCGATCGGATTGACAAAGATGCAGTAGTTAATTGGGTTTTATCGCTTCAAGCTCATCCAAAGAATGACAAAACATTTGAAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789046.1
MEDPEFWDSDSESLIFEKDRHILYLEMMYQLLPAPYQGQEINRLTLAYFIISGLDIFGALDRIDKDAVVNWVLSLQAHPKNDKTFENGQFYGFHGSRSSQFQSNNNGAAQLNGSHLASTYCALAILKTVGYDLCLINSELLLKSMRTLQQPNGCFMPIHTGGETDLRFVFCAAAICSMLKNWTGMDCEKAKEFIRNCQSYDGGFGLIPGAESHGGATYCAVASLKLMGFIEEDLLSKKASSNVINVPLLLDWSLQKQALE...
XP_057789047.1
MEDPEFWDSDSESLIFEKDRHILYLEMMYQLLPAPYQGQEINRLTLAYFIISGLDIFGALDRIDKDAVVNWVLSLQAHPKNDKTFENGQFYGFHGSRSSQFQSNNNGAAQLNGSHLASTYCALAILKTVGYDLCLINSELLLKSMRTLQQPNGCFMPIHTGGETDLRFVFCAAICSMLKNWTGMDCEKAKEFIRNCQSYDGGFGLIPGAESHGGATYCAVASLKLMGFIEEDLLSKKASSNVINVPLLLDWSLQKQALED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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