Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005719

染色体: Chr01 坐标: 73377636-73381453 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005719
名称SmilChr01G005719
描述very-long-chain enoyl-CoA reductase
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73377636 - 73381453 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005962
GeneID131005962
locus_tag-
NCBI NameLOC131005962
原始查询SmilChr01G005719

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述very-long-chain enoyl-CoA reductase
产物very-long-chain enoyl-CoA reductase
ArabidopsisAT3G55360 (CER10)
3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824702]
identity=80.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0150000 (CER10)
-
identity=81.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016627 (oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors); GO:0042761 (very long-chain fatty acid biosynthetic process)
KEGGsmil00062 (Fatty acid elongation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01040 (Biosynthesis of unsaturated fatty acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01212 (Fatty acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02544 (Steroid_dh)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005962

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057789075.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057789075.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789075.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789075.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789075.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73377948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr1:73379804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B95
Chr1:73379876 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:73379916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D11
Chr1:73380048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:73380095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:73380160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:73380197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr1:73380335 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C40,C50,C70
Chr1:73380366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:73380443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr1:73381022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,B36,C10,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789075.1
307 aa
N
1
154
307
Steroid_dh
C
PF02544 Steroid_dh 157-306 aa
XP_057789076.1
307 aa
N
1
154
307
Steroid_dh
C
PF02544 Steroid_dh 157-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789075.1 Pfam PF02544 Steroid_dh Family 157 306 9.6e-29 101.0 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase
XP_057789076.1 Pfam PF02544 Steroid_dh Family 157 306 9.6e-29 101.0 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933093.1
AAACGAGAAATAAAATGTTTCCTTAAATACACATTTATTAGAATATGACATCCTATTAAACATAATTAAATGTGAGATTAAGAGAGAAACCGTTTATTGCGACGGTGGTTTATCTGTGCAGCACAGGTAGATCTTCAATTGGAGCTACCAGCTGCGACAAAAACGATGAAGGTTTCCGTCGTCACTCGCAGCGGCCGCGAACTTGTCAAGGGAGGCCTTGAGCTCAGTGATTCCGCTACTGTGGCTGATCTGCAGGAGGC...
XM_057933092.1
CACATTTATTAGAATATGACATCCTATTAAACATAATTAAATGTGAGATTAAGAGAGAAACCGTTTATTGCGACGGTGGTTTATCTGTGCAGCACAGGTTGCTCATCTACCCCAACTACAACCCAACCGTATTAATTGCCATAGCTCACTCTCATCATTCATCAATCAACTTTTTCGCCTAAATTTCACTCCATAAATCCTTCCCCAATTCTCATTTTCAGGTAGATCTTCAATTGGAGCTACCAGCTGCGACAAAAACG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005962
ATGAAGGTTTCCGTCGTCACTCGCAGCGGCCGCGAACTTGTCAAGGGAGGCCTTGAGCTCAGTGATTCCGCTACTGTGGCTGATCTGCAGGAGGCCATTCACAAGAGGACAAAAAAATACTACCCGTCAAGACAGCGGTTGACCCTCCCCCTCCCATCTGGGTCGAAGGAGAGGCCCACCGTCCTTAACTATAAGAAGAGCCTGAAGGAGTATACCGAGGGGAATGAATTAACTGTCGTTTTCAAGGATCTCGGCACGCA...
LOC131005962
ATGAAGGTTTCCGTCGTCACTCGCAGCGGCCGCGAACTTGTCAAGGGAGGCCTTGAGCTCAGTGATTCCGCTACTGTGGCTGATCTGCAGGAGGCCATTCACAAGAGGACAAAAAAATACTACCCGTCAAGACAGCGGTTGACCCTCCCCCTCCCATCTGGGTCGAAGGAGAGGCCCACCGTCCTTAACTATAAGAAGAGCCTGAAGGAGTATACCGAGGGGAATGAATTAACTGTCGTTTTCAAGGATCTCGGCACGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789075.1
MKVSVVTRSGRELVKGGLELSDSATVADLQEAIHKRTKKYYPSRQRLTLPLPSGSKERPTVLNYKKSLKEYTEGNELTVVFKDLGTQVNYSTLFFWEYLGPLVLYPIFYYFPVYKIFGYKEERVIHPVQTYAMYYWCFHYFKRIMETFFVHRFSHATSPLSNVFRNCAYYWTFGAWIAYYVNHPLYTPVSELQMKIGFAFGLLCQISNFYCHILLRNLRKSDGGGYQIPRGFLFNIVTCANYTTEIYQWLGFNIATQTVA...
XP_057789076.1
MKVSVVTRSGRELVKGGLELSDSATVADLQEAIHKRTKKYYPSRQRLTLPLPSGSKERPTVLNYKKSLKEYTEGNELTVVFKDLGTQVNYSTLFFWEYLGPLVLYPIFYYFPVYKIFGYKEERVIHPVQTYAMYYWCFHYFKRIMETFFVHRFSHATSPLSNVFRNCAYYWTFGAWIAYYVNHPLYTPVSELQMKIGFAFGLLCQISNFYCHILLRNLRKSDGGGYQIPRGFLFNIVTCANYTTEIYQWLGFNIATQTVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器