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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005735

染色体: Chr01 坐标: 73479335-73480341 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005735
名称SmilChr01G005735
描述pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73479335 - 73480341 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012922
GeneID131012922
locus_tag-
NCBI NameLOC131012922
原始查询SmilChr01G005735

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 3
产物pollen-specific leucine-rich repeat extensin-like protein 3
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003779 (actin binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005884 (actin filament); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0030041 (actin filament polymerization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012922

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796877.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057796877.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796877.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796877.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796877.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73479512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C79
Chr1:73479566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B72,B73,C72
Chr1:73479567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B20
Chr1:73479572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B126,B133,B33,B94
Chr1:73479576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B126,B133,B33,B94
Chr1:73479589 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B1,B19,C15
Chr1:73479615 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A1,A6,C21,C47,C83
Chr1:73479615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,A6,C21,C47,C83
Chr1:73479644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B69
Chr1:73479651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B70,C77,C9
Chr1:73479667 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 10 A1,A3,B118,B50,B53,C16,C68,C74,C83,C84
Chr1:73479669 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 14 A6,B11,B12,B126,B35,B68,B71,C30,C47,C52,C58,C75,D2,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940894.1
ATGTCAAAATCCGATATACTCGCTGCCATTGAAGAATTTCAGACCGCCATCTACAGCTGGCCAACCTCCTTCGACGCCTATTTTCAGGCAGCTCCAGATTCCTCCCTGTTTTCATCTTCTTCCCCACCACCCATTACTCCAGCTCCCTATCCACCACGATCGTTTCCCCCAATCTTACATACAACTCACTCCACATCACATCTTCCCATTCGCCGTCTAAGCCGATCTGAAATCGAAGCTAAAAACGACCTCGGGCTGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012922
ATGTCAAAATCCGATATACTCGCTGCCATTGAAGAATTTCAGACCGCCATCTACAGCTGGCCAACCTCCTTCGACGCCTATTTTCAGGCAGCTCCAGATTCCTCCCTGTTTTCATCTTCTTCCCCACCACCCATTACTCCAGCTCCCTATCCACCACGATCGTTTCCCCCAATCTTACATACAACTCACTCCACATCACATCTTCCCATTCGCCGTCTAAGCCGATCTGAAATCGAAGCTAAAAACGACCTCGGGCTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796877.1
MSKSDILAAIEEFQTAIYSWPTSFDAYFQAAPDSSLFSSSSPPPITPAPYPPRSFPPILHTTHSTSHLPIRRLSRSEIEAKNDLGLCYNCDQTWSDTHRCRSKYLILFGTDDEDDFGDPKSPYSMGGVEVKAKDVSSPSPFPTTHSPSPIFSPSAPSTTTVTPADLPFIDAPPHLPSKAIPPHSVLHSPTPLPSIVLQPPPPPPPPTPPPPIPPPPTEPPPADFLPSPVIPPPPPIIPPVSHQPTPSPLSQSPPSPTLPC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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