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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005736

染色体: Chr01 坐标: 73489225-73490124 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005736
名称SmilChr01G005736
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73489225 - 73490124 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012930
GeneID131012930
locus_tag-
NCBI NameLOC131012930
原始查询SmilChr01G005736

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT2G33060 (RLP27)
receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868]
identity=41.8; qcov=0.983; evalue=1.63e-61; confidence=medium
RiceOs12g0221700
-
identity=42.5; qcov=0.92; evalue=1.11e-61; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012930

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796887.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796887.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796887.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796887.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796887.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73489238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C41
Chr1:73489255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr1:73489265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B104,C13
Chr1:73489269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C63
Chr1:73489272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr1:73489284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr1:73489305 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr1:73489470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr1:73489485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr1:73489506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr1:73489590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B16
Chr1:73489659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B131,B92,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796887.1
299 aa
N
1
150
299
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
C
PF00560 LRR_1 33-50 aa PF00560 LRR_1 99-119 aa PF13516 LRR_6 120-132 aa PF00560 LRR_1 121-142 aa PF00560 LRR_1 146-167 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796887.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 33 50 8.1e-20 67.4 Leucine Rich Repeat
XP_057796887.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 99 119 8.1e-20 67.4 Leucine Rich Repeat
XP_057796887.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 120 132 6e-07 29.7 Leucine Rich repeat
XP_057796887.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 121 142 8.1e-20 67.4 Leucine Rich Repeat
XP_057796887.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 146 167 8.1e-20 67.4 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940904.1
ATGGAAGCTCTTCCTGAGCTTCGAGTGCTCGTCTTGAAGTCTAACAAGTTTGATGGTAACATGTCGTTGGCTTCACGAAGCAACCTTCCATTTCCTAAGTTGCAAGTTTTAGATATATCAGAGAACAAATTTGTGGGGTCTTTACCTCAAAAATATTTCAAGAATTTCAGAGCAATGATGGATATGAAGGAAAATCAAACAGATGGTGATTATGACTATTTTTCAATTTACGTGGAGATGATAATCACCTTGAAAGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012930
ATGGAAGCTCTTCCTGAGCTTCGAGTGCTCGTCTTGAAGTCTAACAAGTTTGATGGTAACATGTCGTTGGCTTCACGAAGCAACCTTCCATTTCCTAAGTTGCAAGTTTTAGATATATCAGAGAACAAATTTGTGGGGTCTTTACCTCAAAAATATTTCAAGAATTTCAGAGCAATGATGGATATGAAGGAAAATCAAACAGATGGTGATTATGACTATTTTTCAATTTACGTGGAGATGATAATCACCTTGAAAGGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796887.1
MEALPELRVLVLKSNKFDGNMSLASRSNLPFPKLQVLDISENKFVGSLPQKYFKNFRAMMDMKENQTDGDYDYFSIYVEMIITLKGLDQLLKRLLEDFTIIDLSSNKFSGTIPHSIGNMNSLRYLNLSHNNLMGLIPASLGNISVLESLDLSSNKLDGGIPSELTSLTFLAKLNLSMNDLVGQIPQSTQFSTFENDSYIGNLRLCGVPLTRKCNEENEQRKQPEEEEEDDEYGFIDGFGWRSVVMGYGSGFIVGIGIGYI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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