当前解析结果
SmilChr01G005737| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005737 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005737 |
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERECTA |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 73496436 - 73501008 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005999 |
|---|---|
| GeneID | 131005999 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005999 |
| 原始查询 | SmilChr01G005737 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERECTA |
| 产物 | LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERECTA |
| Arabidopsis | AT2G26330 (ER)Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817173] identity=42.4; qcov=1.01; evalue=1.47e-32; confidence=medium |
| Rice | Os06g0186100- identity=44.3; qcov=0.836; evalue=3.75e-34; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13855 (LRR_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005999 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057789134.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789134.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789134.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789134.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789134.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:73496464 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A8,B43,C5 |
Chr1:73496505 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B46,C10,C18,C9 |
Chr1:73496577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B17,B43,B96,C35,C55 |
Chr1:73496584 |
TCA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B117,B91 |
Chr1:73496584 |
TCA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | B117,B91 |
Chr1:73496585 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B17,B37,C35 |
Chr1:73496658 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B135,B85,B87,C79,D6 |
Chr1:73496661 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B135,B85,B87,C79,D6 |
Chr1:73496665 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B85,B87,C79 |
Chr1:73496697 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B56 |
Chr1:73496732 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A8,B41,B65,B69,C20,C33,C39 |
Chr1:73496762 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789134.1PF08263
LRRNT_2 31-71 aa
PF00560
LRR_1 100-121 aa
PF13855
LRR_8 123-162 aa
PF12799
LRR_4 126-167 aa
PF00560
LRR_1 128-149 aa
PF00560
LRR_1 151-173 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789134.1 |
Pfam | PF08263 |
LRRNT_2 | Family | 31 | 71 | 8.8e-11 | 42.6 | Leucine rich repeat N-terminal domain |
XP_057789134.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 100 | 121 | 1.1e-15 | 55.1 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789134.1 |
Pfam | PF13855 |
LRR_8 | Repeat | 123 | 162 | 1.4e-12 | 47.9 | Leucine rich repeat |
XP_057789134.1 |
Pfam | PF12799 |
LRR_4 | Repeat | 126 | 167 | 2.1e-11 | 44.4 | Leucine Rich repeats (2 copies) |
XP_057789134.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 128 | 149 | 1.1e-15 | 55.1 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789134.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 151 | 173 | 1.1e-15 | 55.1 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。