当前解析结果
SmilChr01G005753| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005753 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005753 |
| 描述 | laccase-15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 73617899 - 73618971 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005995 |
|---|---|
| GeneID | 131005995 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005995 |
| 原始查询 | SmilChr01G005753 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | laccase-15-like |
| 产物 | laccase-15-like |
| Arabidopsis | AT5G09360 (LAC14)laccase 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830795] identity=54.4; qcov=0.958; evalue=5.19e-63; confidence=high |
| Rice | Os01g0634500 (OsLAC2)- identity=50.3; qcov=0.953; evalue=1.62e-60; confidence=high |
| GO | GO:0005507 (copper ion binding); GO:0016491 (oxidoreductase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07731 (Cu-oxidase_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005995 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057789130.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789130.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789130.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789130.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789130.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:73618688 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B89 |
Chr1:73618688 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr1:73618752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B70,C33,C7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789130.1PF07731
Cu-oxidase_2 30-166 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789130.1 |
Pfam | PF07731 |
Cu-oxidase_2 | Domain | 30 | 166 | 5.2e-40 | 137.1 | Multicopper oxidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。