Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005759`

染色体: Chr01 坐标: 73682109-73697991 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005759`
名称	SmilChr01G005759
描述	uncharacterized SmilChr01G005759
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	73682109 - 73697991 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005987`
GeneID	`131005987`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005987`
原始查询	`SmilChr01G005759`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005987

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057789117.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057789121.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057789117.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789117.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789117.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:73696834`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B63,C56
`Chr1:73696963`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B117,B28,C36,C40,C86
`Chr1:73696963`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B117,B28,C36,C40,C86
`Chr1:73697223`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A16,B54,C63
`Chr1:73697223`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A16,B54,C63
`Chr1:73697242`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	103	A11,A14,A21,A23,A25,A7,B101,B102,B106,B108,B109,B11,B113,B114,B115,B118,B120,B129,B130,B134,B136,B17,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B30,B31,B33,B34,B37,B38,B39,B41,B45,B46,B47,B51,B57,B58,B60,B63,B64,B67,B68,B69,B7,B71,B74,B75,B76,B77,B8,B80,B81,B85,B86,B87,B91,B94,B98,B99,C1,C17,C18,C2,C21,C22,C28,C3,C30,C31,C35,C37,C38,C41,C44,C45,C46,C48,C55,C57,C60,C61,C62,C67,C7,C71,C74,C75,C78,C79,C8,C81,C82,C84,C9,D1,D5,D6,D9
`Chr1:73697254`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	B105,B122,B128,B140,B55,B73,B97,C10,C67,D8
`Chr1:73697430`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B100,B117,B12,B49,B55,B9
`Chr1:73697445`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B24,C38
`Chr1:73697466`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B76,B82,C33,C53,D4
`Chr1:73697470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C48,C72,D2
`Chr1:73697499`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	103	A1,A10,A11,A14,A15,A21,A7,A9,B102,B104,B105,B109,B110,B114,B119,B12,B120,B122,B123,B127,B128,B132,B134,B136,B14,B140,B16,B17,B19,B21,B24,B27,B29,B32,B34,B37,B4,B41,B44,B51,B55,B56,B58,B59,B6,B66,B71,B72,B73,B76,B79,B80,B83,B87,B90,B92,B93,B94,B97,C10,C11,C16,C21,C23,C24,C25,C27,C29,C3,C30,C33,C34,C35,C38,C39,C41,C45,C47,C48,C49,C52,C53,C54,C56,C62,C64,C66,C69,C7,C72,C74,C75,C77,C79,C8,C81,C82,C84,C87,D10,D2,D3,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

14 records

下载 cDNA FASTA

XR_009095370.1
TTGCATTCTTACATGTTTTATATTCCCAAACCAAATTCATTCTTCTTTCCTAATGTTTGGATTTTTTTTTCTCGTTTGTTGTTAGATGAGTATCACCACATTGCATATCAAAAATTGGCTTACCTTTCTATAAATTGCGTGCGTCTTCTTCCTCGCCCCCAAACCGCCTCGCCCAAAAAAAACCTAAAAGCATTAGGGTTTAGGAGGGAGATCAAAATTGGGTCATCCCCACCCCAATTGACTTGCGTAGGCTGCAATGG...

XR_009095377.1
ACCAAATTCATTCTTCTTTCCTAATGTTTGGATTTTTTTTTCTCGTTTGTTGTTAGATGAGTATCACCACATTGCATATCAAAAATTGGCTTACCTTTCTATAAATTGCGTGCGTCTTCTTCCTCGCCCCCAAACCGCCTCGCCCAAAAAAAACCTAAAAGCATTAGGGTTTAGGAGGGAGATCAAAATTGGGTCATCCCCACCCCAATTGACTTGCGTAGGCTGCAATGGATGATGCGACAAGTTTTGCGATCGCAACG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA

LOC131005987
ATGGATGATGCGACAAGTTTTGCGATCGCAACGGGAGCTGATCCGAACCTTTTATGGAAAGGTATTGGTGATGTGTGTTTTCTGCGAATTGATAGTGAAGCTAGATCTCTTTTAACACTTGGGAAGGGGGGTCCTCCTGATTATATTCTCGCTCCCTACGGCAGAACCACGCGAGGCAAAGAGCTTCCACGGCGTTGCAGAGGTATACAGAGATTCATGTTTCCACGCGCCGGTGATTATTTTGATCTTGTGGTTCTGGG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA

XP_057789117.1
MDDATSFAIATGADPNLLWKGIGDVCFLRIDSEARSLLTLGKGGPPDYILAPYGRTTRGKELPRRCRGIQRFMFPRAGDYFDLVVLGVLPMGIDGFEWVSGDRIRGGDGEGKAACFFPIKEEEFVIKEEFVTIKEGFFPPFVINHPKAPWDSLDEAMKTQVRNEACLKANEALRRAGYHQYHVCCEQIDLDSMLVHSSEWGHITEPRALAWELVDAYDAYLPTRKN

XP_057789118.1
MDDATSFAIATGADPNLLWKGIGDVCFLRIDSEARSLLTLGKGGPPDYILAPYGRTTRGKELPRRCRGIQRFMFPRAGDYFDLVVLGVLPMGIDGFEWVSGDRIRGGDGEGKAACFFPIKEEEFVIKEEFVTIKEGFFPPFVINHPKAPWDSLDEAMKTQVRNEACLKANEALRRAGYHQYHVCCEQIDLDSMLVHSSEWGHITEPRALAWELVDAYDAYLPTRKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器