Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005764

染色体: Chr01 坐标: 73742587-73745923 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005764
名称SmilChr01G005764
描述protein MAEA homolog
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73742587 - 73745923 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006066
GeneID131006066
locus_tag-
NCBI NameLOC131006066
原始查询SmilChr01G005764

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein MAEA homolog
产物protein MAEA homolog
ArabidopsisAT3G55070 (AT3G55070)
LisH/CRA/RING-U-box domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824673]
identity=71.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0160100
-
identity=71.8; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0034657 (GID complex); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
PfamPF10607 (CTLH); PF13445 (zf-RING_UBOX)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006066

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789189.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789189.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789189.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789189.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789189.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73742791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:73742860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B102,C2,C59
Chr1:73742970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B46
Chr1:73742985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr1:73743105 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C26
Chr1:73743375 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr1:73743375 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr1:73743378 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C14
Chr1:73743378 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 C14
Chr1:73743393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:73743480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B137
Chr1:73744796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B29,B3,B72,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789189.1
412 aa
N
1
206
412
CTLH
zf-RING_UBOX
C
PF10607 CTLH 177-317 aa PF13445 zf-RING_UBOX 354-395 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789189.1 Pfam PF10607 CTLH Domain 177 317 7.1e-48 163.1 CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain
XP_057789189.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 354 395 9.3e-06 26.3 RING-type zinc-finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933206.1
ATTAGTTTGAAAGCATCGAAGCAACTCCAAAAACGACACCGTTTGGGACTGCTGCTTTGTAGTTGCGATATAAGAAAAAATTGGTGCTGTCTCGACGCATCTGATCCCACTCCACTTATTAAATTAAAAATTAAATTAATAAAAAAAACAAAAAGCAAAAATGTCGTCGTCGCCGATGGAGGTGGATGCGCAGCTCCCAAACGGCAACTCCATCGTCGCGGCGGCGGTCGCCGCGGCGCCGCCGTCTAAATTCGGGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006066
ATGTCGTCGTCGCCGATGGAGGTGGATGCGCAGCTCCCAAACGGCAACTCCATCGTCGCGGCGGCGGTCGCCGCGGCGCCGCCGTCTAAATTCGGGAAGCTGGCGGAGTCCCTCAAACTGGAGCATCAGTTGCTCCGCGTGCCCTTCGAACATTACAAAAAGACGATCCGCTCCAACCACCGCGCCGTTGAGAAAGAGGTCTCCGCCGTCATTTCCGGAGTCTCCGACGCCGCCGAATCCGACCTGTCGCGAGACGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789189.1
MSSSPMEVDAQLPNGNSIVAAAVAAAPPSKFGKLAESLKLEHQLLRVPFEHYKKTIRSNHRAVEKEVSAVISGVSDAAESDLSRDEAVDQLSSLVSRLQGLKRKLEEGSRTEHLQAQKCRARLEHLESAELENMSEWNSTRLKRILVDYMLRMSYYDTAVKLAESSNIQDLVDIDVFLEAKKVIDALQKKEVGPALAWCADNKSRLKKSKSKFEFQLRLQEFIELVRADNNMRAISYARKYLAPWGATHMKELQRVMATL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器