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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005770

染色体: Chr01 坐标: 73774872-73777998 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005770
名称SmilChr01G005770
描述uncharacterized SmilChr01G005770
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73774872 - 73777998 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006073
GeneID131006073
locus_tag-
NCBI NameLOC131006073
原始查询SmilChr01G005770

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006073

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789197.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057789197.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057789197.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789197.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789197.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73776828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B122,B131,B85,C2
Chr1:73776857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:73776862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr1:73776880 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 17 A19,A25,A4,B109,B112,B125,B49,B73,B83,B94,C10,C57,C75,C79,C82,D3,D9
Chr1:73776882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B73
Chr1:73777075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C51
Chr1:73777082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:73777118 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B130
Chr1:73777118 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B130
Chr1:73777333 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C63
Chr1:73777368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr1:73777392 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B38,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933214.1
TTGTAATCTTGATAGCACTACTATATTTCCTTGTTATTCCTTAAATAGGCGTGTTTGGTCAGGCAGGTTCGTTGATCCCATTATTTGAGAATCAAGGTTGAACTCAACTTAAGTCGTTGGTGACGATCAAGACGGATTTGGGGTAGCTGGAGACAATAAGAAAGACGTGAGACTTGGGCACCAAATGGTTGGTTCATTAGGGACGTCCCGTCGTTCAGTCTCGTTCCTAAATTAATAGCTCGAACTTGCATAACTTTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006073
ATGGCAGACCTTCCATTCTACCAACCAAAAGGCAGTCGGGCTGCGTACGAGCGCATCCAACAGAAGAAAAAGAAAGTCATGGTTAGCTCAAGTGAGGAACCTACGACTGATCTCTTGGATGCGGTGACTCTACCTTCGCCTGTCGGGAGGGGCAAGCGATCCGCATCATCCGTCGTCTCTGATCAGTCTGGTGGCTCAATCATTATGAAGTTTCCTGTGGATGCTGCTGCTTATACGCCTTGTGCTCCGCTGCTTGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789197.1
MADLPFYQPKGSRAAYERIQQKKKKVMVSSSEEPTTDLLDAVTLPSPVGRGKRSASSVVSDQSGGSIIMKFPVDAAAYTPCAPLLEDRARLDAAGYDSAMEAIVSHSFLGTRGILYLGDKVKDLEKQLTKLRAEQVDCRKENRDLKKCKVELDNVIKGLQEQVASHEQDAGKLHEALENLEAVSARVRVLEFEIVQLKNMVEDVGLETEVLIRGEIYQEFRDGKSGEWDVDRCILEMEKLLQQRAEKAAAIRARALAEAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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