Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005780`

染色体: Chr01 坐标: 73906457-73910227 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005780`
名称	SmilChr01G005780
描述	GDSL esterase/lipase At5g33370-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	73906457 - 73910227 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006086`
GeneID	`131006086`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006086`
原始查询	`SmilChr01G005780`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GDSL esterase/lipase At5g33370-like
产物	GDSL esterase/lipase At5g33370-like
Arabidopsis	`AT5G33370` (AT5G33370) GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833315] identity=72.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0617400` (OsGELP40) - identity=70.5; qcov=0.926; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG	-
Pfam	PF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006086

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057789212.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789212.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789212.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789212.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789212.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:73906703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C31,C32,C68,C82
`Chr1:73906892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B60,C71,D6
`Chr1:73907023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:73907050`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B128,D11
`Chr1:73907077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B23
`Chr1:73907152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:73907185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B127
`Chr1:73907191`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B77,C65
`Chr1:73907202`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr1:73907230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B65,B90,B92
`Chr1:73907236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:73907266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789212.1

363 aa

182

363

Lipase_GDSL

PF00657 Lipase_GDSL 28-339 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789212.1`	Pfam	`PF00657`	Lipase_GDSL	Family	28	339	1.7e-33	117.3	GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933229.1
GTCACAATTCAATGCACTAGAACTACCCATTTATCGCACTTGTTTTTCTGTTTTCTTTTATTATTTCATCACTTTTCCACTGTGATCACCAATCCTCTATTTATATTCCCATTTCTCCCTTTTCCTTTCTATAATATCCCTAAAAGAGTTTGAGCATTTTCTTGTGTGTTCAAATTCAAACCAACTCTTTAGGGCTTGTAGTTCACTCTCTCGACCTAAAGGGTGTTGGTGGAACATAAACATCCTTTGCATTAGGGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006086
ATGGCTACCCTTCTTTTCGCCCTCGTCTCGATCGCCGCCGCGTTGCTCGCCTCGACGACGCGCGTCGAGGCCCGAGCATTCTTCGTGTTCGGGGACTCGCTCGTGGACGTCGGCAACAACAACTACCTGGCCACTACTGCACGTGCGGACGCCCCGCCCTACGGCATCGACTACCCCGGCCGCCGCGCCACCGGCCGCTTCTCCAACGGCTACAACATCCCTGATCTTATCAGTCAAGGCATTGGTCAAAGTGAATCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789212.1
MATLLFALVSIAAALLASTTRVEARAFFVFGDSLVDVGNNNYLATTARADAPPYGIDYPGRRATGRFSNGYNIPDLISQGIGQSESPLPYLSPAMGGSRLLNGANFASAGVGILNDTGVQFVNIIRIGQQLQYFQQYQSRVSQIVGPEETQRLVNQALVLITLGGNDFVNNYYLVPFSARSRQYSLQNYVPFIISEYRKVLSRLHDLGARKVIVTGTGPLGCVPAELAQRSRNGECSPELQRAAGLFNPQLTDMLLSLNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器