Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005783

染色体: Chr01 坐标: 73928699-73936477 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005783
名称SmilChr01G005783
描述uncharacterized SmilChr01G005783
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73928699 - 73936477 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006092
GeneID131006092
locus_tag-
NCBI NameLOC131006092
原始查询SmilChr01G005783

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841907]; symbol=AT1G54650; hit=AT1G54650; species=arabidopsis; confidence=high
产物Methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841907]; symbol=AT1G54650; hit=AT1G54650; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G54650 (AT1G54650)
Methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841907]
identity=58.8; qcov=0.972; evalue=1.79e-112; confidence=high
RiceOs07g0414200
-
identity=55.4; qcov=0.969; evalue=1.32e-103; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF08242 (Methyltransf_12); PF13489 (Methyltransf_23)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006092

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789219.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789219.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789219.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789219.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789219.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73934046 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 29 A2,B110,B115,B117,B120,B128,B131,B136,B139,B22,B3,B40,B43,B51,B65,B66,B67,B74,B77,B8,B94,C16,C3,C35,C42,C57,C75,D11,D9
Chr1:73934051 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 29 A2,B110,B115,B117,B120,B128,B131,B136,B139,B22,B3,B40,B43,B51,B65,B66,B67,B74,B77,B8,B94,C16,C3,C35,C42,C57,C75,D11,D9
Chr1:73934151 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 18 A13,A16,B105,B112,B133,B140,B19,B25,B34,B38,B39,B63,B75,B89,B99,C67,C72,D10
Chr1:73934413 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B82,D8
Chr1:73934484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B11
Chr1:73934667 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B124,B130,B24
Chr1:73934679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:73934706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B40,C62
Chr1:73934885 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr1:73935034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,D11
Chr1:73935166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr1:73935325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B40,B65,C20,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789219.1
315 aa
N
1
158
315
Methyltransf_23
C
PF13489 Methyltransf_23 70-279 aa
XP_057789220.1
315 aa
N
1
158
315
Methyltransf_23
C
PF13489 Methyltransf_23 70-279 aa
XP_057789221.1
311 aa
N
1
156
311
Methyltransf_23
Methyltransf_12
C
PF13489 Methyltransf_23 70-275 aa PF08242 Methyltransf_12 91-224 aa
XP_057789222.1
287 aa
N
1
144
287
Methyltransf_23
Methyltransf_12
C
PF13489 Methyltransf_23 70-279 aa PF08242 Methyltransf_12 91-228 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789219.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 70 279 1.1e-12 48.7 Methyltransferase domain
XP_057789220.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 70 279 1.1e-12 48.7 Methyltransferase domain
XP_057789221.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 70 275 6.7e-13 49.4 Methyltransferase domain
XP_057789221.1 Pfam PF08242 Methyltransf_12 Domain 91 224 1.6e-10 42.3 Methyltransferase domain
XP_057789222.1 Pfam PF13489 Methyltransf_23 Domain 70 279 1.1e-12 48.7 Methyltransferase domain
XP_057789222.1 Pfam PF08242 Methyltransf_12 Domain 91 228 1e-10 42.9 Methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933237.1
CGGAGGGAGCACTCATTGTGAAATTACTTCCATTTTTCAGTCTGAATAGAATCGATGAGTAGAAAACAATGGGAAGCAGAAAGCTATCACTCCAAAGATTTCGATTGGAACGAATTGAGAGAAGAAGTGGAAAAAAATCCCTCACTTCAGTTCCATTTCCTCCCCTTTTCCGAAGTGGTTACTCAAATTGAAGACGCTCAGCTAGATTCCGAAGCGTGGGATCAATTTCATGCCCGCCACTCTACTGGCAAGTTCTTCAA...
XM_057933238.1
CGGAGGGAGCACTCATTGTGAAATTACTTCCATTTTTCAGTCTGAATAGAATCGATGAGTAGAAAACAATGGGAAGCAGAAAGCTATCACTCCAAAGATTTCGATTGGAACGAATTGAGAGAAGAAGTGGAAAAAAATCCCTCACTTCAGTTCCATTTCCTCCCCTTTTCCGAAGTGGTTACTCAAATTGAAGACGCTCAGCTAGATTCCGAAGCGTGGGATCAATTTCATGCCCGCCACTCTACTGGCAAGTTCTTCAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131006092
ATGAGTAGAAAACAATGGGAAGCAGAAAGCTATCACTCCAAAGATTTCGATTGGAACGAATTGAGAGAAGAAGTGGAAAAAAATCCCTCACTTCAGTTCCATTTCCTCCCCTTTTCCGAAGTGGTTACTCAAATTGAAGACGCTCAGCTAGATTCCGAAGCGTGGGATCAATTTCATGCCCGCCACTCTACTGGCAAGTTCTTCAAGGAACGACGATACTTGCTGAAGGAGTTCCCAGAACTAGCTTCTTGCAAGGATGA...
LOC131006092
ATGAGTAGAAAACAATGGGAAGCAGAAAGCTATCACTCCAAAGATTTCGATTGGAACGAATTGAGAGAAGAAGTGGAAAAAAATCCCTCACTTCAGTTCCATTTCCTCCCCTTTTCCGAAGTGGTTACTCAAATTGAAGACGCTCAGCTAGATTCCGAAGCGTGGGATCAATTTCATGCCCGCCACTCTACTGGCAAGTTCTTCAAGGAACGACGATACTTGCTGAAGGAGTTCCCAGAACTAGCTTCTTGCAAGGATGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057789219.1
MSRKQWEAESYHSKDFDWNELREEVEKNPSLQFHFLPFSEVVTQIEDAQLDSEAWDQFHARHSTGKFFKERRYLLKEFPELASCKDESKVLEVGCGNGSTALPILCGREGIILYACDCSNEALERAKEIVTASNSVSAIHRFHPFLCDFSTTGFPLWLACNTCSDSSFHGHHLGFSEAYAGANLDEARSCIGGVDFVTLIFTLSALPLDRMPKAIKECFAVLKPGGMLLFRDYGVCDMTMLRFDPQQRIGYREYLRSDGT...
XP_057789220.1
MSRKQWEAESYHSKDFDWNELREEVEKNPSLQFHFLPFSEVVTQIEDAQLDSEAWDQFHARHSTGKFFKERRYLLKEFPELASCKDESKVLEVGCGNGSTALPILCGREGIILYACDCSNEALERAKEIVTASNSVSAIHRFHPFLCDFSTTGFPLWLACNTCSDSSFHGHHLGFSEAYAGANLDEARSCIGGVDFVTLIFTLSALPLDRMPKAIKECFAVLKPGGMLLFRDYGVCDMTMLRFDPQQRIGYREYLRSDGT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器