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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005807

染色体: Chr01 坐标: 74109394-74110796 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005807
名称SmilChr01G005807
描述nuclear pore complex protein NUP62-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74109394 - 74110796 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013049
GeneID131013049
locus_tag-
NCBI NameLOC131013049
原始查询SmilChr01G005807

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述nuclear pore complex protein NUP62-like
产物nuclear pore complex protein NUP62-like
ArabidopsisAT3G10650 (NUP1)
nuclear pore complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820234]
identity=44.6; qcov=0.221; evalue=5.89e-08; confidence=weak
Rice-
-
GOGO:0005635 (nuclear envelope); GO:0016973 (poly(A)+ mRNA export from nucleus); GO:0071763 (nuclear membrane organization)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057797037.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057797037.1
3 Nuclear pore complex 核孔复合体 0.20000 XP_057797037.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057797037.1
5 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057797037.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74109488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B28,C60
Chr1:74109512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B140
Chr1:74109888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:74109903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr1:74109920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B84,C3,C39
Chr1:74109927 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B124,B130,B76
Chr1:74109983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B74,B91,C51,C84,D5
Chr1:74109989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B124,C40,D7
Chr1:74110495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr1:74110522 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B2
Chr1:74110522 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B2
Chr1:74110537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941054.1
TTAATATTATACACCGATTTTTCTAAATCAAATGGCGACGGCGGAAGAAGGCGGAGCCACCACCACCGCTTACGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGAGCTGGGAGAAAGTTTCGCAAGAAGCCCTTCCGCAAAACGACGACGCCTTACGAGCGCCCCGCCATCGCCTTCCGCGGCAATGGAGGCAGCAGCTGGTTGACGAAGTTGGTGGTGGACCCCGCCTCCAAGCTCATTTCGTATGTGGCGCGCCGCTTCTTCGATTCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013049
ATGGCGACGGCGGAAGAAGGCGGAGCCACCACCACCGCTTACGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGAGCTGGGAGAAAGTTTCGCAAGAAGCCCTTCCGCAAAACGACGACGCCTTACGAGCGCCCCGCCATCGCCTTCCGCGGCAATGGAGGCAGCAGCTGGTTGACGAAGTTGGTGGTGGACCCCGCCTCCAAGCTCATTTCGTATGTGGCGCGCCGCTTCTTCGATTCTGTTTTCCGCAAAAAACGCATGCCGCCGCCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797037.1
MATAEEGGATTTAYGGGGGGGAGRKFRKKPFRKTTTPYERPAIAFRGNGGSSWLTKLVVDPASKLISYVARRFFDSVFRKKRMPPPPPAPPQTSVGSTGGATAPVFGAGLSSSGSSSVTTGSFSSAPSSTGGAAAPVFSFGTTCSGSSSVFSSAPSSTGDFSFGTTSSGSSSVFSSAPSSTGVFSFGATSSGSSSVFSSAPSSTGVFSFGTTSSGSSLVFSSAPSSTGVFSFGATSSGSSSIFSSAPSSTGVFGFGTTSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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