Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005809`

染色体: Chr01 坐标: 74118972-74121930 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005809`
名称	SmilChr01G005809
描述	uncharacterized SmilChr01G005809
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74118972 - 74121930 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013059`
GeneID	`131013059`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013059`
原始查询	`SmilChr01G005809`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclear pore complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820234]; symbol=NUP1; hit=AT3G10650; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	nuclear pore complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820234]; symbol=NUP1; hit=AT3G10650; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G10650` (NUP1) nuclear pore complex protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820234] identity=43.1; qcov=0.083; evalue=1.63e-06; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0005635 (nuclear envelope); GO:0016973 (poly(A)+ mRNA export from nucleus); GO:0071763 (nuclear membrane organization)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013059

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057797048.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057797048.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057797048.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797048.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797048.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74120203`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr1:74120282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr1:74120475`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B5
`Chr1:74120496`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:74120554`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B90
`Chr1:74120568`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr1:74120595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B25,C50
`Chr1:74120609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B37,C22
`Chr1:74120641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:74120689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B82
`Chr1:74120860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr1:74120991`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941065.1
ATGGCGACGGCGGAAGAAGGCGGAGCCACCACCACCGCTTACGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGTGCTGGGAGAAAGTTTCGCAAGAAGCCCTTCCGCAAAACGACGACGCCTTACGAGCGCCCCGCCATCGCCTTCCCCGGCAATGGAGGCAGCAGCTGGTTGACGAAGTTGGTGGTGGACCCCGCCTCCAAGCTCATTTCGTATGTGGCGCGCCGCTTCTTCGATTCTGTTTTCCGCAAAAAACGCATGCCGCCGCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013059
ATGGCGACGGCGGAAGAAGGCGGAGCCACCACCACCGCTTACGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGTGCTGGGAGAAAGTTTCGCAAGAAGCCCTTCCGCAAAACGACGACGCCTTACGAGCGCCCCGCCATCGCCTTCCCCGGCAATGGAGGCAGCAGCTGGTTGACGAAGTTGGTGGTGGACCCCGCCTCCAAGCTCATTTCGTATGTGGCGCGCCGCTTCTTCGATTCTGTTTTCCGCAAAAAACGCATGCCGCCGCCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797048.1
MATAEEGGATTTAYGGGGGGGAGRKFRKKPFRKTTTPYERPAIAFPGNGGSSWLTKLVVDPASKLISYVARRFFDSVFRKKRMPPPPPAPPQTSVGSTGGATAPVFGAGLSSSGSSSVTTGSFSSATSSTGAAAAPVFSFGTTCSGSSSVFSSAPSSTGDFSFGTTSSGSSSVFSSAPSSTGVFSFGATSSGSSSVFSSAPSSTGVFRFGTTTSGSSSVFSSAPSSTGVFSFGATSSGSSVFSSAPSSTGVFGFGTTSSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器