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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005832

染色体: Chr01 坐标: 74331639-74338489 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005832
名称SmilChr01G005832
描述receptor-like protein 52
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74331639 - 74338489 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006127
GeneID131006127
locus_tag-
NCBI NameLOC131006127
原始查询SmilChr01G005832

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 52
产物receptor-like protein 52
ArabidopsisAT1G71400 (RLP12)
receptor like protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843481]
identity=35.4; qcov=0.988; evalue=2.4e-141; confidence=medium
RiceOs10g0469300
-
identity=32.2; qcov=1.14; evalue=4.07e-125; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789270.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789270.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789270.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789270.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789270.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74331884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:74331926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B57,C85
Chr1:74331966 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 3 B111,B41,B55
Chr1:74331966 ACT A 2bp_deletion CDS_variant 3 B111,B41,B55
Chr1:74331969 T TAA 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 3 B111,B41,B55
Chr1:74331969 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 3 B111,B41,B55
Chr1:74332005 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C11
Chr1:74332005 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C11
Chr1:74332032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr1:74332033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,A4,B18
Chr1:74332042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B114,B38,B39
Chr1:74332048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B14,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789270.1
896 aa
N
1
448
896
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 31-71 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF00560 LRR_1 202-221 aa PF00560 LRR_1 223-245 aa PF13855 LRR_8 238-282 aa PF00560 LRR_1 247-269 aa PF00560 LRR_1 272-293 aa PF00560 LRR_1 320-341 aa PF00560 LRR_1 368-389 aa PF23598 LRR_14 408-643 aa PF00560 LRR_1 416-437 aa PF00560 LRR_1 464-485 aa PF00560 LRR_1 510-532 aa PF13855 LRR_8 510-569 aa PF00560 LRR_1 558-580 aa PF00560 LRR_1 633-650 aa PF00560 LRR_1 698-718 aa PF00560 LRR_1 721-742 aa PF00560 LRR_1 745-766 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789270.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 71 1.4e-10 42.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 202 221 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 223 245 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 238 282 6.1e-50 167.5 Leucine rich repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 247 269 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 272 293 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 320 341 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 368 389 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 408 643 1.8e-53 182.3 Leucine-rich repeat region
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 416 437 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 464 485 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 510 532 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 510 569 6.1e-50 167.5 Leucine rich repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 558 580 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 633 650 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 698 718 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 721 742 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat
XP_057789270.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 745 766 7.3e-73 225.3 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933287.1
CACTACTACCTTATAGTGACTTAATTCATTCCCCTAATTTCGAATATCATTTGAAACTTTCAGACAAAATAACTGTTGCTCGAAATGATTATAGAAGCTTCTTTCATTTTCCATTAATGGGACCAAAAAAATGTGGCCATATAAATGGCATGAGCTAGGCTTCGTGTCTGCGCACACAACTCTTCCATTTGCGATATGGAGAGAGTTTCTTCCCATTTTCTCATCCTTGCACTACTCTTAGCAATCCATTATTTGATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006127
ATGGAGAGAGTTTCTTCCCATTTTCTCATCCTTGCACTACTCTTAGCAATCCATTATTTGATGGATTATAGCTCAGCCAAACACGATATCAACACCGATCGTTCTTCACTTCTTGCCTTGAAATCTCAAATCACTTTAGATCCTCAAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGTAGTTGGATCGGAGTTACTTGTGATTCACATTACAATAGGGTTACTCAGTTGAATATATCGGACATGGGTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789270.1
MERVSSHFLILALLLAIHYLMDYSSAKHDINTDRSSLLALKSQITLDPQNILTQNWSTEASVCSWIGVTCDSHYNRVTQLNISDMGLVGTLPPEIGNLSSLVSLEANENSFHGSIPPSIFNMSFLEVLELRNNSLSSSLPLDMCKHNLHRLKRLRLSYNELYGEIPSSLGQCSQLEYLSLFNNNFTGFVPREIGNLTKLHELLNLGGNQLTGVIPQEIHHLDNLGVLDLSWNKLSGTLPPTIFNMSSLTWIDLSSNTLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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