Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005835`

染色体: Chr01 坐标: 74361036-74365688 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005835`
名称	SmilChr01G005835
描述	disease resistance protein RPP13-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74361036 - 74365688 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006134`
GeneID	`131006134`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006134`
原始查询	`SmilChr01G005835`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	disease resistance protein RPP13-like
产物	disease resistance protein RPP13-like
Arabidopsis	`AT3G46530` (RPP13) NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806] identity=34.1; qcov=0.516; evalue=2.07e-23; confidence=low
Rice	`Os12g0552900` - identity=28.1; qcov=0.674; evalue=5.05e-23; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0050832 (defense response to fungus)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057789284.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057789284.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057789284.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789284.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789284.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74363688`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B95,C15,C67,D4
`Chr1:74363688`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B95,C15,C67,D4
`Chr1:74363712`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B23,B95,C15,C35
`Chr1:74363759`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr1:74363764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B11,B9,C85
`Chr1:74363836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,A25,C55
`Chr1:74363857`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A10,C25,C70
`Chr1:74363857`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A10,C25,C70
`Chr1:74363882`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A21,B103,B108,B132,B16,C14,C16,C18,C38
`Chr1:74363897`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B118,B121,B71,B74,C81
`Chr1:74363897`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B118,B121,B71,B74,C81
`Chr1:74363929`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B39,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789284.1

438 aa

219

438

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 218-396 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789284.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	218	396	4.9e-32	111.6	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933301.1
ATAAACTAGTGGATGTGAAACTAACTAGCAAATTATCTAATTCCCACCAAAATCTGCAAATGGCAAAAGGCTGCAATACTGAGTCAAGTGATTTCTTGCAAATTGAGAGGAGAAGAGAAGTTTGTTCTGCTTTGATCTACTCTTCTTCTTGCTCACTCCAAAAACCAGCATTAATTCTTCATAGTAACCATAATTCATGGTGAACCAATTCCTTTTTCATCATTACCATATTTTCCTCGGGCCACCACCGCCGGCGCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006134
ATGGACAGGACAAGGACAAGCAAGAGCAGGAAGAAGGTGAATGCTTTGGATGGAAGAATCAAAGAGTTGATTTGGGAATTCCAAGACTTATTGGAATCCCTTCTCTACCAACAGATTCTTGGAATTCCTTCACAATCTCGTGCAGACCAAGTTGATGAAGAAATGAAAGAGAGAGTAAGGGAATTCGGAGGCTTATTGGAATCTCTTCCCTCACTACCACAGATTCTATTTCAAAGCCCTCGTCTACACCACACAATCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789284.1
MDRTRTSKSRKKVNALDGRIKELIWEFQDLLESLLYQQILGIPSQSRADQVDEEMKERVREFGGLLESLPSLPQILFQSPRLHHTIPTRRRRRIQAQIVFTSHSNKKSTATRLYFKDFLHTTQPQEERRRRRRRLMVHKEKGRKFNTPRIMNGVEGERIRFSIDLRCIEDDVDSFMERLKDMEKEYIYEVYNMPEDDDVDQSISSRSGTKSKMIGLSDEFQQLKKELMESRCFNDYIALVGTAGVGKTALAEAVFEDPEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器